Locus info | Cultivar Idenification | SNP info | Target on C. clementina (v1.0) | Target on C. unshiu (v1.0) | AGI map info (Shimada et al. 2014 Takehiko Shimada, Hiroshi Fujii, Tomoko Endo, Takanori Ueda, Aiko Sugiyama, Michiharu Nakano, Masayuki Kita, Terutaka Yoshioka, Tokuro Shimizu, Hirohisa Nesumi, Yoshinori Ikoma, Takaya Moriguchi, Mitsuo Omura (2014) Construction of a citrus framework genetic map anchored by 708 gene-based markers. Tree Genetics & Genomes. 10: 1001-1013. ) |
KmMg map info (Omura et al. 2003 Mitsuo Omura, Takanori Ueda, Masayuki Kita, Akira Komatsu, Yuko Takanokura, Takehiko Shimada, Tomoko Endo, Hirohisa Nesumi, ToshioYoshida (2003) EST mapping of Citrus. Proceedings of the International Society of Citriculture IX Congress 2000. 71-74. ) |
JtTr map info (Omura et al. 2003 Mitsuo Omura, Takanori Ueda, Masayuki Kita, Akira Komatsu, Yuko Takanokura, Takehiko Shimada, Tomoko Endo, Hirohisa Nesumi, ToshioYoshida (2003) EST mapping of Citrus. Proceedings of the International Society of Citriculture IX Congress 2000. 71-74. ) |
Km/O41 map info (Nakano et al. 2003 Mutsuko Nakano, Hirohisa Nesumi, Terutaka Yoshioka, Mitsuo Omura, Toshio Yoshida (2003) Linkage analysis between male sterility of citrus and STS markers. Proceedings of the International Society of Citriculture IX Congress 2000. 179-180 ) |
Rp/Sa map info (Ohta et al. 2011 Satoshi Ohta, Tomoko Endo, Takehiko Shimada, Hiroshi Fujii, Tokuro Shimizu, Takeshi Kuniga, Terutaka Yoshioka, Hiroshisa Nesumi, Toshio Yoshida, Mitsuo Omura (2011) PCR primers for marker assisted backcrossing to introduce a CTV resistance gene from Poncirus trifoliata (L.) Raf. into citrus. Journal of the Japanese Society for Horticultural Science. 80: 295-307. ) |
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Locus name ▲▼ |
Locus name alias ▲▼ |
Rank hybrid cultivar ▲▼ |
Citrus collection O - |
Cultivar identifi- cation manual O - |
Ninomiya et al. 2015 Taizo Ninomiya, Takehiko Shimada, Tomoko Endo, Keisuke Nonaka, Mitsuo Omura, Hiroshi Fujii (2015) Development of Citrus Cultivar Identification by CAPS Markers and Parentage Analysis. Hort. Res. (Japan) 14: 127-133. O - |
Nonaka et al. 2017 Keisuke Nonaka, Hiroshi Fujii, Masayuki Kita, Takehiko Shimada, Tomoko Endo, Terutaka Yoshioka, Mituso Omura (2017) Identification and parentage analysis of citrus cultivars developed in Japan by CAPS Markers. The Horticulture Journal. 86: 208-221. O - |
Graphical map O - |
Genotype O - |
Fujii et al. 2013 Hiroshi Fujii, Takehiko Shimada, Keisuke Nonaka, Masayuki Kita, Takeshi Kuniga,Tomoko Endo, Yoshinori Ikoma, Mitsuo Omura (2013) High-throughput genotyping in citrus accessions using an SNP genotyping array. Tree Genetics & Genomes. 9: 145-153. ▲▼ |
Transcript ID ▲▼ |
Scaffold ▲▼ |
Start | End | Transcript ID ▲▼ |
Scaffold ▲▼ |
Start | End | Gene function ▲▼ |
AGI LG ▲▼ |
AGI cM | KmMg LG ▲▼ |
KmMg cM | JtTr LG ▲▼ |
JtTr cM | Km/O41 LG ▲▼ |
Km/O41 cM | Rp/Sa LG ▲▼ |
Rp/Sa cM |
Bf0117 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2490 | 4223 | ||||||||||||||||||
Af2143 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 149283 | 154945 | ||||||||||||||||||
Al0523 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 177116 | 180417 | ||||||||||||||||||
Af1752 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 177116 | 180417 | ||||||||||||||||||
Af1171 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 275263 | 280936 | ||||||||||||||||||
Al0204 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 275263 | 280936 | ![]() | C_unshiu_00003 | 1127884 | 1133567 | Myosin heavy chain-like protein | JtR-09S | 5.527 | |||||||||||
Cp1938 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 329071 | 331103 | ||||||||||||||||||
Af1406 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 329071 | 331103 | ||||||||||||||||||
Tf0176 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 385469 | 388179 | ![]() | C_unshiu_00003 | 1226924 | 1232429 | Hypothetical protein | RP-01 | ||||||||||||
Tf0177 | - | - | - | - | - | - | SI133 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 385469 | 388179 | ![]() | C_unshiu_00003 | 1226924 | 1232429 | Hypothetical protein | ||||||||||||
Af3288 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 385469 | 388179 | ||||||||||||||||||
Af3188 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 448785 | 452457 | ||||||||||||||||||
Af1142 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 487184 | 489198 | ||||||||||||||||||
Al0630 | AAvailable marker | O | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 487184 | 489198 | ![]() | C_unshiu_00129 | 342865 | 344872 | Kelch repeat-containing F-box family protein | RP-01 | 1.092 | ||||||||||
Tf0226 | AAvailable marker | O | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 526813 | 529150 | ![]() | C_unshiu_00129 | 303106 | 311407 | Exocyst subunit EXO70 family protein | RP-01 | 1.100 | ||||||||||
Tf0407 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 526813 | 529150 | ||||||||||||||||||
Bf0417 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 693215 | 695933 | ||||||||||||||||||
Tf0102 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 734373 | 736031 | ||||||||||||||||||
Cp0427 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 738477 | 743395 | ||||||||||||||||||
Ov0417 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 851900 | 857695 | ||||||||||||||||||
Tf0400 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 928640 | 936397 | ||||||||||||||||||
Af1256 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 940514 | 942972 | ||||||||||||||||||
Af1392 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1051155 | 1052947 | ||||||||||||||||||
Al0014 | O | - | - | - | - | - | SI058,SI153,SI312 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1070373 | 1072218 | ![]() | C_unshiu_00005 | 281165 | 283012 | CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 20 | AGI-01 | 97.525 | RP-01 | 3.295 | ||||||||
Al0426 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1128897 | 1137063 | ||||||||||||||||||
Cp1666 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1149150 | 1151996 | ||||||||||||||||||
Af1157 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1234555 | 1235706 | ||||||||||||||||||
Af1241 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1401842 | 1406346 | ||||||||||||||||||
Af1528 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1676368 | 1677018 | ||||||||||||||||||
Af1123 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1687894 | 1690412 | ||||||||||||||||||
Cp1670 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1709131 | 1710064 | ||||||||||||||||||
Af1481 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1797060 | 1800274 | ||||||||||||||||||
Vt0012 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 1806179 | 1809814 | ||||||||||||||||||
Vt0021 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2015894 | 2023323 | ||||||||||||||||||
Af1311 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2025698 | 2028188 | ||||||||||||||||||
Tf0341 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2025698 | 2028188 | ||||||||||||||||||
Af1137 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2038681 | 2041094 | ||||||||||||||||||
Ov0427 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2156679 | 2158871 | ![]() | C_unshiu_00553 | 110847 | 134434 | Hypothetical protein | KmG-05S | 36.268 | |||||||||||
Ov0428 | Ov0427.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2156679 | 2158871 | |||||||||||||||||
Af1549 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2184513 | 2186967 | ||||||||||||||||||
Sd0005 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2344790 | 2346942 | ||||||||||||||||||
Af1561 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2420324 | 2423040 | ||||||||||||||||||
Af1369 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2551920 | 2555129 | ||||||||||||||||||
Al0314 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2574769 | 2577568 | ||||||||||||||||||
Lp0138 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2599957 | 2603377 | ||||||||||||||||||
Af1213 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2821922 | 2823925 | ||||||||||||||||||
Af1461 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 2851521 | 2854493 | ||||||||||||||||||
Af1360 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3061549 | 3065503 | ||||||||||||||||||
Af1274 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3152548 | 3153983 | ||||||||||||||||||
Af1079 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3255140 | 3258139 | ||||||||||||||||||
Tf0092 | - | - | - | - | - | - | SI099 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3285601 | 3291534 | ![]() | C_unshiu_00006 | 496127 | 502071 | Class III HD-Zip family protein | ||||||||||||
Af2042 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3521485 | 3525524 | ||||||||||||||||||
Af1175 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3647539 | 3651252 | ||||||||||||||||||
Af1444 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3665141 | 3672863 | ||||||||||||||||||
Al0220 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3683537 | 3688814 | ||||||||||||||||||
Cp0741 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3746864 | 3749903 | ![]() | C_unshiu_00055 | 168281 | 172005 | Ferrochelatase | AGI-01 | 75.964 | ||||||||||
Af1476 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3862913 | 3866838 | ||||||||||||||||||
Af1402b | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 3941093 | 3948163 | ||||||||||||||||||
Gmom08 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4143948 | 4146608 | ||||||||||||||||||
Gmom09 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4143948 | 4146608 | ||||||||||||||||||
Tf0118 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4143948 | 4146608 | ||||||||||||||||||
Al0616 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4343812 | 4351112 | ||||||||||||||||||
Af1413 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4522022 | 4524821 | ||||||||||||||||||
Cp0699 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4522022 | 4524821 | ||||||||||||||||||
Af1478 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4534161 | 4535260 | ||||||||||||||||||
Lp0205 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4541676 | 4543982 | ||||||||||||||||||
Af1570 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4601588 | 4603705 | ||||||||||||||||||
Af1107 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4606912 | 4610637 | ||||||||||||||||||
Bf0011 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | SI218 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4722889 | 4726339 | ![]() | C_unshiu_00547 | 54556 | 57654 | NADH-cytochrome b5 reductase | AGI-01 | 67.331 | RP-01 | 23.653 | |||||||
Fb0225 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4873970 | 4878979 | ![]() | C_unshiu_00039 | 54980 | 59746 | Protein arginine N-methyltransferase 1 | RP-05 | 33.168 | |||||||||||
Af1531 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 4984340 | 4987674 | ||||||||||||||||||
Tf0175 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 5054551 | 5056146 | ||||||||||||||||||
Cp0045 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 5194085 | 5198860 | ||||||||||||||||||
Cp1931 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 5353694 | 5358135 | ||||||||||||||||||
Cp0716 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 5435165 | 5436509 | ||||||||||||||||||
Cp1935 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 5518821 | 5522727 | ||||||||||||||||||
Af1081 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 5650217 | 5655629 | ||||||||||||||||||
Mf0033 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 6227617 | 6228389 | ![]() | C_unshiu_00075 | 123779 | 124531 | Hypothetical protein | AGI-01 | 62.570 | KmG-01 | 46.353 | JtR-01S | 106.811 | NAT-01S | 77.905 | ||||
Mf0050 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 6227617 | 6228389 | ||||||||||||||||||
Tf0263 | - | - | - | - | - | - | SI013 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 6358030 | 6359568 | ![]() | C_unshiu_00075 | 227733 | 229211 | Heat shock transcription factor A7a1 | ||||||||||||
Af1551 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 6494973 | 6502196 | ||||||||||||||||||
Mf0074 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 6617921 | 6622625 | ||||||||||||||||||
Bf0022 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 6628388 | 6634237 | ||||||||||||||||||
Vs0017 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 6647158 | 6649599 | ||||||||||||||||||
Tf0233 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 6772264 | 6775904 | ||||||||||||||||||
Af1278 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 6903804 | 6908960 | ||||||||||||||||||
Mf0067 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 7264569 | 7269002 | ![]() | C_unshiu_00837 | 91807 | 96079 | Protein phosphatase 1 regulatory subunit pprA | KmG-032 | 18.460 | JtR-031 | 13.247 | ||||||||
Al0216 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 7359982 | 7369305 | ||||||||||||||||||
Bf0025 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 7402730 | 7407596 | ||||||||||||||||||
Al0330 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 7455492 | 7457451 | ||||||||||||||||||
Cp0277 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 7776970 | 7783395 | ||||||||||||||||||
Al0513 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 8046181 | 8049306 | ![]() | C_unshiu_00191 | 243988 | 246458 | Stem 28 kDa glycoprotein | AGI-01 | 60.031 | KmG-01 | 41.591 | ||||||||
Af1108 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 8046181 | 8049306 | ||||||||||||||||||
Af1181 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 8063530 | 8066056 | ||||||||||||||||||
Cp2210 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 8125279 | 8130885 | ![]() | C_unshiu_00744 | 19836 | 25320 | 6-phosphofructokinase isoform 1 | ||||||||||||
Af1032 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 8377489 | 8379348 | ||||||||||||||||||
Af1537 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 8417158 | 8419377 | ||||||||||||||||||
Ov0026 | Ov0026.k | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 8417158 | 8419377 | |||||||||||||||||
Ov0027 | Ov0027.em | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 8417158 | 8419377 | ![]() | C_unshiu_00584 | 74089 | 76266 | 60S ribosomal protein L28 | AGI-03 | 51.749 | ||||||||||
Af1300 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 8539647 | 8542949 | ||||||||||||||||||
Af1370 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 8822834 | 8826308 | ![]() | C_unshiu_00579 | 46507 | 50108 | Plasma membrane | AGI-01 | 56.590 | |||||||||||
Wy0008 | HDisagree on Clementine haploid genotype | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 9297360 | 9299641 | No | AGI-01 | 57.863 | KmG-01 | 43.003 | JtR-01S | 99.300 | ||||||||||
Af1512 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 9300782 | 9304559 | ||||||||||||||||||
Af1078 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 9428841 | 9434694 | ||||||||||||||||||
Bf1192 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 10678653 | 10684627 | ![]() | C_unshiu_00242 | 100038 | 105603 | Casein kinase I-like protein | AGI-01 | 57.863 | |||||||||||
Gn0069 | ULess informative for main cultivars | O | - | - | - | - | - | SI086,SI375 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 10946316 | 10949617 | ![]() | C_unshiu_00201 | 212151 | 227232 | Lycopene epsilon cyclase | AGI-01 | 57.863 | |||||||||
Af1065 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 11008759 | 11012720 | ||||||||||||||||||
Af1120 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 11232482 | 11237918 | ||||||||||||||||||
Lp0130 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 11512415 | 11514434 | ||||||||||||||||||
Cp1644 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 11512415 | 11514434 | ||||||||||||||||||
Cp0475 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 11512415 | 11514434 | ||||||||||||||||||
Af1285 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 12807597 | 12808725 | ||||||||||||||||||
Tf0059 | - | - | - | - | - | - | SI101 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 12883722 | 12897805 | ![]() | C_unshiu_00450 | 36956 | 58462 | AGC family Serine/Threonine kinase family protein | AGI-01 | 56.416 | ||||||||||
Tf0414 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 12883722 | 12897805 | ||||||||||||||||||
Af1459 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 12972605 | 12977393 | ||||||||||||||||||
Ov0115 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 13063201 | 13068419 | ||||||||||||||||||
Vt0013 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 13123280 | 13126173 | ||||||||||||||||||
Al0603 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 13325813 | 13336158 | ||||||||||||||||||
Af1353 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 14026557 | 14027565 | ||||||||||||||||||
Fb0478 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 14592248 | 14596429 | ![]() | C_unshiu_00071 | 196512 | 200666 | Beta-glucosidase 44 | AGI-01 | 61.025 | |||||||||||
Fb0275 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 15883118 | 15887517 | ![]() | C_unshiu_00288 | 55910 | 60461 | Malate dehydrogenase | AGI-01 | 55.687 | |||||||||||
Fb0722 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 16098039 | 16100795 | ||||||||||||||||||
Af1321 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 16371168 | 16375666 | ![]() | C_unshiu_00108 | 320409 | 344557 | Hypothetical protein | AGI-06 | 34.500 | |||||||||||
Af1197 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 16467942 | 16471056 | ||||||||||||||||||
Cp1093 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 16696979 | 16699623 | ||||||||||||||||||
Ov0518 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 17185032 | 17187893 | ||||||||||||||||||
Af1070 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 17308566 | 17311235 | ||||||||||||||||||
Mf0007 | ULess informative for main cultivars | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 17471330 | 17472833 | ![]() | C_unshiu_00044 | 424343 | 425685 | NADPH-dependent codeinone reductase-like protein | ||||||||||||
Mf0006 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 17554790 | 17556053 | ||||||||||||||||||
Bf0182 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 17831333 | 17834889 | ![]() | C_unshiu_00429 | 90883 | 94296 | 3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase | AGI-01 | 47.439 | |||||||||||
Cp1624 | AAvailable marker | - | O | - | O | O | O | SI307 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18068297 | 18070262 | ![]() | C_unshiu_00187 | 99220 | 100762 | CBS domain-containing protein CBSX5 | AGI-01 | 58.420 | KmG-01 | 53.054 | |||||||
Al0334 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18113949 | 18117209 | ||||||||||||||||||
Cp0016 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18117264 | 18119451 | ||||||||||||||||||
Af1622 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18117264 | 18119451 | ![]() | C_unshiu_00187 | 141733 | 143877 | Protochlorophyllide reductase, chloroplastic | AGI-01 | 54.754 | |||||||||||
Wy0057 | Wy0057.em | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18270818 | 18273015 | |||||||||||||||||
Tf0066 | - | - | - | - | - | - | SI221 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18270818 | 18273015 | ![]() | C_unshiu_00187 | 287391 | 289585 | NAC domain-containing protein 72 | AGI-01 | 58.420 | ||||||||||
Tf0245 | - | - | - | - | - | - | SI021 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18298599 | 18300295 | ![]() | C_unshiu_00548 | 168151 | 169460 | Hypothetical protein | ||||||||||||
Al0526 | Al0526.em | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18298599 | 18300295 | |||||||||||||||||
Tf0359 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18298599 | 18300295 | ||||||||||||||||||
Al0209 | HDisagree on Clementine haploid genotype | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18298599 | 18300295 | ![]() | C_unshiu_00548 | 168151 | 169460 | Hypothetical protein | KmG-01 | 37.230 | JtR-01S | 88.382 | ||||||||
Af1424 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18688873 | 18690138 | ![]() | C_unshiu_00137 | 354434 | 355481 | CFE protein | AGI-01 | 43.613 | |||||||||||
Af1637 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 18896164 | 18901623 | ||||||||||||||||||
Tf0327 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 19056291 | 19058412 | ||||||||||||||||||
Af1234 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 19975332 | 19979144 | ||||||||||||||||||
Cp0067 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 20056926 | 20059223 | ||||||||||||||||||
Lp0230 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 20094575 | 20097443 | ||||||||||||||||||
Al0631 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 20096297 | 20101958 | ||||||||||||||||||
Cp2154 | - | - | - | - | - | - | SI164 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 20462860 | 20465557 | ![]() | C_unshiu_00670 | 44502 | 47121 | 50S ribosomal protein L24, chloroplastic | ||||||||||||
Tf0247 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 20550792 | 20553673 | ||||||||||||||||||
Tf0041 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 20550792 | 20553673 | ||||||||||||||||||
Tf0058 | - | - | - | - | - | - | SI257 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 20885102 | 20889283 | ![]() | C_unshiu_00395 | 50978 | 54866 | Fertilization-independent endosperm protein | AGI-01 | 46.623 | ||||||||||
Al0522 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 21082902 | 21086082 | ||||||||||||||||||
Bf0026 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 21082902 | 21086082 | ![]() | C_unshiu_00487 | 113166 | 115416 | Thiazole biosynthetic enzyme | AGI-01 | 43.164 | RP-01 | 56.137 | |||||||||
If0214 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 21464732 | 21466099 | ||||||||||||||||||
Af1565 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 21875022 | 21879839 | ||||||||||||||||||
Al0215 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 21918726 | 21922966 | ![]() | C_unshiu_00595 | 85575 | 88636 | Disease resistance protein | AGI-01 | 38.255 | ||||||||||
Tf0255 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22111808 | 22116666 | ||||||||||||||||||
Af1533 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22118203 | 22120791 | ||||||||||||||||||
Ov0110 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22118203 | 22120791 | ||||||||||||||||||
Al0257 | Al0257.k | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22407412 | 22409529 | |||||||||||||||||
Af1146 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22593671 | 22599178 | ||||||||||||||||||
Cp1852 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22711668 | 22715696 | ![]() | C_unshiu_00103 | 116559 | 121057 | Cell differentiation protein rcd1 | AGI-02 | 9.592 | |||||||||||
Fb0103 | OOthers | O | - | - | - | - | - | SI155 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22758712 | 22761740 | ![]() | C_unshiu_00103 | 160138 | 163082 | GDP-L-galactose phosphorylase | AGI-01 | 30.703 | JtR-01S | 6.418 | |||||||
Al0510 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22792920 | 22795069 | ||||||||||||||||||
Af1303 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22810929 | 22812161 | ||||||||||||||||||
Af1356 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22837500 | 22839817 | ||||||||||||||||||
Bf0036 | AAvailable marker | O | O | - | O | O | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22840947 | 22844111 | ![]() | C_unshiu_00103 | 244231 | 250643 | GrpE protein homolog | AGI-01 | 29.144 | RP-01 | 46.445 | ||||||||
Mf0045 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22844241 | 22846485 | ||||||||||||||||||
Mf0046 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22844241 | 22846485 | ||||||||||||||||||
Cp2158 | MDisagree by Marco analysis | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22847397 | 22852110 | ![]() | C_unshiu_00103 | 254015 | 258614 | Trigger factor type chaperone family protein | AGI-01 | 24.422 | ||||||||||
Bf0141 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22893476 | 22896534 | ||||||||||||||||||
Bf1207 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22912695 | 22913798 | ![]() | C_unshiu_00103 | 319187 | 320041 | Hypothetical protein | AGI-01 | ||||||||||||
Cp2193 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 22999424 | 23001838 | ||||||||||||||||||
Bf0013 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 23111733 | 23116067 | No | AGI-01 | RP-01 | 47.360 | ||||||||||||||
Su0002 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 23236312 | 23242718 | ||||||||||||||||||
Tf0230 | - | - | - | - | - | - | SI140 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 23463843 | 23470911 | ![]() | C_unshiu_00338 | 163174 | 169978 | NAD-dependent protein deacetylase SRT1 | ||||||||||||
Tf0406 | Bno homozygous cultivar with minor allele | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 23463843 | 23470911 | ![]() | C_unshiu_00338 | 163174 | 169978 | NAD-dependent protein deacetylase SRT1 | AGI-01 | 28.515 | ||||||||||
Fb0237 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 23487200 | 23497316 | ![]() | C_unshiu_00338 | 134033 | 144369 | Hypothetical protein | AGI-01 | 28.325 | |||||||||||
Bf0226 | MDisagree by Marco analysis | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 23654785 | 23658857 | ![]() | C_unshiu_00175 | 321759 | 325671 | SEC14 cytosolic factor | AGI-08 | 63.341 | ||||||||||
Af1554 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 23753759 | 23756754 | ![]() | C_unshiu_00080 | 491826 | 492778 | Protein CWC15 | AGI-01 | 28.775 | |||||||||||
Al0636 | AAvailable marker | O | - | - | O | O | O | SI313 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 23776796 | 23782088 | ![]() | C_unshiu_00080 | 464290 | 469444 | WW domain-containing protein | AGI-01 | 27.489 | KmG-01 | 25.751 | JtR-01S | 63.210 | NAT-01S | 12.652 | RP-01 | 48.896 | |
Af1535 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 23814115 | 23817728 | ||||||||||||||||||
Cp1614 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 23876791 | 23880665 | ||||||||||||||||||
Af1467 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24171632 | 24175378 | ![]() | C_unshiu_00047 | 116658 | 120038 | Putative amino acid permease 7 | AGI-01 | 29.784 | |||||||||||
Lp0110 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24271753 | 24272644 | ||||||||||||||||||
Tf0049 | - | - | - | - | - | - | SI328 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24273993 | 24277800 | ![]() | C_unshiu_00047 | 212549 | 221653 | WD domain protein-like | AGI-01 | 26.841 | ||||||||||
Tf0274 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24354877 | 24358736 | ||||||||||||||||||
Af1004 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24426760 | 24434342 | ||||||||||||||||||
Lp0113 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24480591 | 24484723 | ||||||||||||||||||
Lp0134 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24480591 | 24484723 | ||||||||||||||||||
Lp0204 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24523400 | 24526186 | ||||||||||||||||||
Af1571 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24533064 | 24536628 | ||||||||||||||||||
Ks9001 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24548109 | 24552107 | ![]() | C_unshiu_00047 | 475125 | 488565 | Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain-related isoform 1 | AGI-01 | 27.192 | JtR-01S | 61.287 | |||||||||
Af1173 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24591598 | 24593689 | ||||||||||||||||||
Af1695 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24619126 | 24621953 | ||||||||||||||||||
Al0027 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24787600 | 24788444 | ||||||||||||||||||
Gn0011 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24814539 | 24819264 | ![]() | C_unshiu_00341 | 85182 | 89905 | Sucrose synthase | KmG-01 | 21.459 | |||||||||||
Tf0168 | AAvailable marker | O | O | - | O | O | O | SI175 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24898769 | 24905716 | ![]() | C_unshiu_00341 | 170777 | 178753 | AT-rich interactive domain-containing protein 4 | AGI-01 | 25.752 | |||||||||
Vt0006 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24914885 | 24923422 | ||||||||||||||||||
Af1624 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 24924416 | 24934675 | ||||||||||||||||||
Wy0028 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25001341 | 25004726 | ![]() | C_unshiu_00150 | 18652 | 22079 | Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 61 | AGI-01 | 26.171 | KmG-01 | |||||||||
Af1350 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25017748 | 25021583 | ||||||||||||||||||
Af2318 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25227978 | 25233897 | ||||||||||||||||||
Af1883 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25255758 | 25259340 | ||||||||||||||||||
Fb0143 | - | - | - | - | - | - | SI361 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25283807 | 25291472 | ![]() | C_unshiu_00150 | 325164 | 333089 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL1 | AGI-01 | 26.176 | RP-01 | 64.368 | ||||||||
Af3215 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25322078 | 25323384 | ||||||||||||||||||
Af2001 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25337687 | 25347002 | ||||||||||||||||||
Gn0042 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25370176 | 25371445 | ![]() | C_unshiu_00498 | 140388 | 142383 | Deficiens | JtR-08 | 6.490 | |||||||||||
Tf0307 | Bno homozygous cultivar with minor allele | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25395688 | 25397278 | ![]() | C_unshiu_00442 | 209015 | 209831 | Myb domain protein 5 | AGI-01 | 23.266 | ||||||||||
Mf0025 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25592494 | 25593617 | ||||||||||||||||||
Mf0086 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | SI220,SI315 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25592494 | 25593617 | ![]() | C_unshiu_00066 | 500992 | 501833 | 17.9 kDa class II heat shock protein | AGI-01 | 26.428 | KmG-01 | 19.692 | JtR-01S | 57.666 | RP-01 | 69.936 | |||
Gmom12 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25604509 | 25605857 | ||||||||||||||||||
Af1084 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25716862 | 25720071 | ![]() | C_unshiu_00066 | 369928 | 382143 | Hypothetical protein | AGI-01 | 24.643 | |||||||||||
Al0235 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25761570 | 25764926 | ||||||||||||||||||
Ov0319 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25761570 | 25764926 | ![]() | C_unshiu_00066 | 333477 | 336681 | Ubiquitin system component Cue protein | KmG-032 | 19.158 | |||||||||||
Af1094 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25761570 | 25764926 | ![]() | C_unshiu_00066 | 333477 | 336681 | Ubiquitin system component Cue protein | AGI-01 | 30.175 | |||||||||||
Cp1998 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25761570 | 25764926 | ![]() | C_unshiu_00066 | 333477 | 336681 | Ubiquitin system component Cue protein | ||||||||||||
Cp1941 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25798690 | 25801889 | ||||||||||||||||||
Lp0025 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25816949 | 25818472 | ||||||||||||||||||
Lp0211 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25816949 | 25818472 | ![]() | C_unshiu_00066 | 279404 | 280861 | Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein isoform 1 | AGI-01 | 30.175 | RP-01 | 24.533 | |||||||||
Gn0017 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25880824 | 25887976 | ![]() | C_unshiu_00005 | 841899 | 847089 | Sucrose phosphate synthase | AGI-01 | 30.293 | KmG-01 | 17.862 | |||||||||
Af1359 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25987803 | 25992258 | ||||||||||||||||||
Lp0237 | Lp0237.k | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 25987803 | 25992258 | ![]() | C_unshiu_00066 | 112710 | 117006 | Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump | AGI-01 | 29.815 | KmG-01 | 13.444 | JtR-01S | 57.629 | NAT-01S | 8.967 | ||||
Af1364 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26026278 | 26032641 | ||||||||||||||||||
Al0228 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26206063 | 26208427 | ![]() | C_unshiu_00315 | 212819 | 220361 | Serine/threonine-protein kinase HT1 | JtR-034 | 7.115 | |||||||||||
Af1218 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26237405 | 26239791 | ||||||||||||||||||
Al0407 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26576059 | 26578193 | ![]() | C_unshiu_00131 | 121152 | 123183 | 60S ribosomal protein L7 | AGI-01 | 31.240 | KmG-01 | 15.673 | JtR-01S | 57.666 | RP-01 | 79.425 | ||||
If0008 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26576059 | 26578193 | No | KmG-01 | 15.635 | JtR-01S | 57.666 | ||||||||||||
Tf0163 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26740822 | 26744016 | ![]() | C_unshiu_00105 | 316978 | 320206 | RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein, putative isoform 1 | AGI-01 | 31.240 | ||||||||||
Mf0062 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26773396 | 26776856 | ||||||||||||||||||
Al0403 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26802787 | 26810465 | ||||||||||||||||||
Tf0033 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26872071 | 26875269 | ||||||||||||||||||
Tf0033.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26872071 | 26875269 | ||||||||||||||||||
Cp2073 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 26872500 | 26875269 | ||||||||||||||||||
Af1269 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 27043124 | 27045483 | ||||||||||||||||||
Af1223 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 27111412 | 27114276 | ![]() | C_unshiu_00347 | 66555 | 79401 | Flavin-binding kelch domain F box protein | AGI-09 | 97.668 | |||||||||||
Tf0193 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 27167271 | 27171073 | ||||||||||||||||||
Bf0033 | - | - | - | - | - | - | SI356,SI379 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 27204998 | 27211059 | ![]() | C_unshiu_00347 | 166830 | 172467 | NADPH--hemoprotein reductase | AGI-01 | 32.408 | RP-01 | 85.146 | ||||||||
Tf0124 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 27457358 | 27462893 | ![]() | C_unshiu_00237 | 259818 | 273281 | Dethiobiotin synthase | AGI-01 | 34.062 | |||||||||||
Tf0305 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 27554897 | 27556656 | ||||||||||||||||||
Cp2176 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 27640636 | 27648110 | ||||||||||||||||||
Cp0632 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 27698934 | 27703620 | ![]() | C_unshiu_00237 | 40930 | 45531 | Protein translocase subunit SecY | AGI-08 | 56.724 | ||||||||||
Gmom31 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 27783419 | 27789937 | ||||||||||||||||||
Af1503 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 27943663 | 27947071 | ||||||||||||||||||
Af1407 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28220637 | 28224080 | ||||||||||||||||||
Tf0449 | OOthers | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28254307 | 28257305 | ![]() | C_unshiu_01997 | 32539 | 35330 | Translation initiation factor IF-3 | AGI-01 | 0.404 | ||||||||||
Af1372 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28254307 | 28257305 | ||||||||||||||||||
Tf0161 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28254307 | 28257305 | ||||||||||||||||||
Cp0672 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28262202 | 28267878 | ![]() | C_unshiu_00005 | 170218 | 174432 | Putative eukaryotic translation initiation factor 4 gamma | AGI-01 | 101.472 | |||||||||||
Wy0026 | HDisagree on Clementine haploid genotype | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28321342 | 28323314 | ![]() | C_unshiu_02224 | 30176 | 31684 | Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyl transferase | AGI-01 | 35.518 | ||||||||||
Gn0084 | DDominant marker | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28321342 | 28323314 | |||||||||||||||||
Af3599 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28330810 | 28332669 | ||||||||||||||||||
Cp0671 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28353948 | 28356507 | ![]() | C_unshiu_00590 | 165626 | 168046 | UPF0133 protein | AGI-01 | 36.113 | ||||||||||
Cp2180 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28385660 | 28388620 | ||||||||||||||||||
Af1262 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28424576 | 28427136 | ||||||||||||||||||
Lp0227 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28429428 | 28433154 | ||||||||||||||||||
Tf0077 | O | - | - | - | - | - | SI135 | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28433972 | 28437921 | ![]() | C_unshiu_00590 | 86430 | 90131 | WRKY | AGI-01 | 34.814 | ||||||||||
Tf0211 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28607325 | 28610917 | ||||||||||||||||||
Af1071 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28607325 | 28610917 | ||||||||||||||||||
Tf0389 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28607325 | 28610917 | ||||||||||||||||||
Lp0114 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28623624 | 28626008 | ||||||||||||||||||
Tf0222 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28782169 | 28786731 | ||||||||||||||||||
Tf0291 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_1 | 28782169 | 28786731 | ||||||||||||||||||
Cp1067 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 188504 | 192741 | ||||||||||||||||||
Tf0264 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 248256 | 250675 | ![]() | C_unshiu_00109 | 175776 | 179005 | GAN | AGI-06 | 103.728 | ||||||||||
Ov0429 | Ov0429.k | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 290799 | 294122 | |||||||||||||||||
Wy0049 | Wy0049.k | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 290799 | 294122 | |||||||||||||||||
Ks9005 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | SI342 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 290799 | 294122 | ![]() | C_unshiu_00109 | 219070 | 222359 | TRNA-splicing ligase RtcB | AGI-02 | 13.646 | KmG-02 | 23.647 | RP-02 | 16.986 | |||||
Af1429 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 390474 | 395075 | ||||||||||||||||||
Af1617 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 434537 | 439663 | ||||||||||||||||||
Af1683 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 475374 | 478428 | ||||||||||||||||||
Fb0304 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 479437 | 484203 | ||||||||||||||||||
Af1692 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 691427 | 698055 | ||||||||||||||||||
Mf0070 | MDisagree by Marco analysis | O | - | - | - | - | - | SI017 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 3067337 | 3069249 | ![]() | C_unshiu_00246 | 68251 | 69988 | Hypothetical protein | AGI-07 | 36.616 | JtR-07 | 52.611 | RP-07 | 19.079 | |||||
Bf0225 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 3460370 | 3462174 | ||||||||||||||||||
If0202 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 3777397 | 3781539 | ||||||||||||||||||
Ov0425 | Bno homozygous cultivar with minor allele | - | - | - | - | - | - | SI051,SI291,SI351,SI371 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 4021167 | 4024377 | ![]() | C_unshiu_00992 | 79008 | 82132 | DnaJ | AGI-07 | 41.317 | RP-07 | 25.534 | |||||||
Ov0426 | Ov0425.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 4021167 | 4024377 | |||||||||||||||||
Lp0007 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 4021167 | 4024377 | ||||||||||||||||||
Cp1044 | Bno homozygous cultivar with minor allele | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 4354278 | 4358516 | ![]() | C_unshiu_00062 | 326045 | 332995 | Iron-sulfur cluster formation ABC transporter ATP-binding subunit | AGI-07 | 39.420 | ||||||||||
Gmom02 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 4367068 | 4371625 | ||||||||||||||||||
Al0646 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 4461151 | 4463605 | ||||||||||||||||||
Af1161 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 4495596 | 4498439 | ||||||||||||||||||
Af1668 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 4660424 | 4661352 | ||||||||||||||||||
Ov0307 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 4937047 | 4940138 | |||||||||||||||||
Cp0592 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 5167853 | 5171721 | ||||||||||||||||||
Lp0132 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 5469050 | 5475142 | ||||||||||||||||||
Ov0120 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 5533591 | 5538729 | ||||||||||||||||||
Cp1257 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 5582927 | 5587253 | ||||||||||||||||||
Tf0191 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 5821401 | 5825173 | ||||||||||||||||||
Af1436 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 5975367 | 5977280 | ||||||||||||||||||
Bf0147 | - | - | - | - | - | - | SI165 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 5975367 | 5977280 | ![]() | C_unshiu_00260 | 124629 | 126502 | Flavonoid 3'-monooxygenase | RP-06.1 | 47.841 | ||||||||||
If0001 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 6319446 | 6320851 | ||||||||||||||||||
Af1636 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 6611813 | 6619116 | ![]() | C_unshiu_00072 | 416072 | 423443 | Zinc transporter ZTP29 | AGI-06 | 150.228 | |||||||||||
Bf0161 | - | - | - | - | - | - | SI089,SI348 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 6658003 | 6660691 | ![]() | C_unshiu_00072 | 364436 | 365812 | Sequence-specific DNA binding transcription factors | AGI-06 | 144.849 | ||||||||||
Cp1851 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 6840743 | 6844063 | ||||||||||||||||||
Af1450 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 6840743 | 6844063 | ||||||||||||||||||
Af1698 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 6880111 | 6883726 | ||||||||||||||||||
Tf0018.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 6900992 | 6905827 | ||||||||||||||||||
Tf0052 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 6901350 | 6905827 | ||||||||||||||||||
Cp1779 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 6927081 | 6932080 | ||||||||||||||||||
Af1699 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 6927081 | 6932080 | ||||||||||||||||||
Af1520 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 7360380 | 7367946 | ||||||||||||||||||
Cp0046 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 7429310 | 7438670 | ||||||||||||||||||
Bf0116 | - | - | - | - | - | - | SI260 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 7662753 | 7667440 | ![]() | C_unshiu_00729 | 81415 | 86474 | Aminotransferase 2 | AGI-06 | 133.800 | RP-06.1 | 28.601 | ||||||||
Bf0414 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 7719550 | 7723396 | ||||||||||||||||||
Af1418 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 8060850 | 8062464 | ||||||||||||||||||
Ks9004 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 8406645 | 8407971 | ||||||||||||||||||
Tf0063 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 8418789 | 8421898 | ||||||||||||||||||
Ks9003 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 8436110 | 8440408 | ![]() | C_unshiu_00494 | 7014 | 11146 | Ascorbate oxidase | KmG-09 | 19.560 | JtR-09S | 5.836 | ||||||||
Cp1945 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 8458209 | 8466681 | ||||||||||||||||||
Al0238 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 8494369 | 8496454 | ||||||||||||||||||
Vt0035 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 8510712 | 8514409 | ||||||||||||||||||
Cp0701 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 8539410 | 8545538 | ||||||||||||||||||
Vt0023 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 8712236 | 8714558 | ||||||||||||||||||
Af1129 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 8727346 | 8730038 | ||||||||||||||||||
Tf0207 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9008920 | 9021876 | ||||||||||||||||||
Tf0385 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9008920 | 9021876 | ||||||||||||||||||
Af1660 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9164804 | 9166682 | ||||||||||||||||||
Bf0212 | - | - | - | - | - | - | SI332 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9206686 | 9211152 | ![]() | C_unshiu_00004 | 401860 | 406444 | Carbonate dehydratase | AGI-06 | 117.593 | ||||||||||
Cp0962 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9206686 | 9211152 | ||||||||||||||||||
Tf0455 | OOthers | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9338651 | 9341271 | ![]() | C_unshiu_00067 | 74696 | 88429 | Hypothetical protein | AGI-06 | 114.172 | ||||||||||
Tf0042.2 | AAvailable marker | O | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9338651 | 9341271 | ![]() | C_unshiu_00067 | 74696 | 88429 | Hypothetical protein | ||||||||||||
Af1590 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9348292 | 9351074 | ||||||||||||||||||
Cp1880 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9351630 | 9354621 | ![]() | C_unshiu_00067 | 71252 | 74672 | Peptide deformylase | ||||||||||||
Af1507a | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9454517 | 9456360 | ||||||||||||||||||
Gn0085 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9457192 | 9463218 | ||||||||||||||||||
Cp0458 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9744574 | 9752276 | ||||||||||||||||||
Al0244 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9849133 | 9852098 | ||||||||||||||||||
Cp0077 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 9849133 | 9852098 | ![]() | C_unshiu_00049 | 210181 | 212829 | Altered inheritance of mitochondria protein 32 | AGI-08 | 54.867 | |||||||||||
Lp0124 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 10087523 | 10092758 | ||||||||||||||||||
Af1539 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 10097308 | 10100347 | ||||||||||||||||||
Af1542 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 10424779 | 10427904 | ||||||||||||||||||
Af1033 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 10456899 | 10459385 | ||||||||||||||||||
Su0003 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 10456899 | 10459385 | ||||||||||||||||||
Tf0203 | - | - | - | - | - | - | SI121 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 10459593 | 10472483 | ![]() | C_unshiu_00403 | 88988 | 102135 | Homeodomain transcriptional regulator | ||||||||||||
Tf0381 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 10459593 | 10472483 | ||||||||||||||||||
Lp0136 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 10500879 | 10504450 | ||||||||||||||||||
Af1095 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 10695424 | 10700095 | ||||||||||||||||||
Af1363 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 10931515 | 10935724 | ||||||||||||||||||
Ov0422 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11071587 | 11074479 | ![]() | C_unshiu_00184 | 295953 | 298736 | 14-3-3-like protein GF14 mu | RP-06.1 | 28.576 | ||||||||||
Cp0747 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11084960 | 11088767 | ![]() | C_unshiu_00184 | 282295 | 285277 | ATP synthase protein I | AGI-09 | 85.816 | |||||||||||
Fb0124 | - | - | - | - | - | - | SI167,SI212 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11088808 | 11095416 | ![]() | C_unshiu_00184 | 275231 | 281575 | Phosphoenolpyruvate carboxylase | ||||||||||||
Af0003 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11373565 | 11374539 | ||||||||||||||||||
Cp0900 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11381917 | 11385787 | ||||||||||||||||||
Af1103 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11393303 | 11394035 | ||||||||||||||||||
Cp0028 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11418331 | 11422116 | ||||||||||||||||||
Cp1885 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11418331 | 11422116 | ![]() | C_unshiu_01218 | 14084 | 22447 | ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 2, chloroplastic | ||||||||||||
Af1404 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11418331 | 11422116 | ||||||||||||||||||
Cp0745 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11418331 | 11422116 | ||||||||||||||||||
Em0004 | Fb1532.em | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11585699 | 11587422 | ![]() | C_unshiu_01211 | 67756 | 69149 | Transparent testa glabra 1 | AGI-02 | 11.835 | ||||||||||
Cp1213 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11598999 | 11601307 | ||||||||||||||||||
Cp0080 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11598999 | 11601307 | ||||||||||||||||||
Al0028 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11604956 | 11606340 | ![]() | C_unshiu_00957 | 38508 | 39910 | Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein A | RP-06.1 | 28.573 | |||||||||||
Ov0418 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11863906 | 11865549 | ||||||||||||||||||
Ov0021 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 11863906 | 11865549 | ||||||||||||||||||
Fb1916 | - | - | - | - | - | - | SI336 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 12043969 | 12046230 | ![]() | C_unshiu_00026 | 110679 | 112686 | Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH4 | RP-06.1 | 24.027 | ||||||||||
Cp1216 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 12112790 | 12113903 | ![]() | C_unshiu_00026 | 46658 | 47677 | CCR protein | AGI-06 | 76.905 | ||||||||||
Bf0001 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 12281395 | 12282562 | ||||||||||||||||||
Af1074 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 12308761 | 12314225 | ||||||||||||||||||
Af1546 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 12406078 | 12408794 | ||||||||||||||||||
Af1318 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 12549543 | 12550712 | ||||||||||||||||||
If0216 | OOthers | O | - | - | - | - | - | SI174 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 12876952 | 12881843 | ![]() | C_unshiu_01838 | 23594 | 31186 | Hypothetical protein | AGI-09 | 74.076 | KmG-01 | 26.420 | JtR-01S | 66.382 | RP-09 | 29.224 | |||
Af1602 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 13350082 | 13351899 | ||||||||||||||||||
Cp2043 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 13441813 | 13443080 | ||||||||||||||||||
Af1229 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 13441813 | 13443080 | ||||||||||||||||||
Af1597 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 13482005 | 13485923 | ||||||||||||||||||
Bf0159 | - | - | - | - | - | - | SI074 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 13502268 | 13505597 | ![]() | C_unshiu_01990 | 10471 | 13748 | DCD (Development and cell death) domain protein | RP-06.1 | 23.326 | ||||||||||
Cp1221 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 13627656 | 13629444 | ||||||||||||||||||
Fb0301 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | SI053 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 14143537 | 14146003 | ![]() | C_unshiu_00466 | 13811 | 16178 | 4-coumarate:coenzyme A ligase 4 | AGI-06 | 92.727 | KmG-06 | RP-06.1 | 16.627 | ||||||
Cp1875 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 14148392 | 14153974 | ||||||||||||||||||
Af1310 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 14481402 | 14484929 | ||||||||||||||||||
Af1677 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 15485437 | 15488234 | ||||||||||||||||||
Ov0525 | ULess informative for main cultivars | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 15833142 | 15836770 | ![]() | C_unshiu_01875 | 35983 | 39196 | ADP/ATP translocase 1 | AGI-06 | 91.522 | SA-06 | 27.092 | ||||||||
Al0519 | DDominant marker | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 15833142 | 15836770 | No | RP-06.1 | |||||||||||||||
Ov0003 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 15833142 | 15836770 | ||||||||||||||||||
Af1293 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 16597796 | 16602257 | ||||||||||||||||||
Cp0015 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 17390389 | 17391229 | ||||||||||||||||||
Tf0378 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 19028389 | 19031661 | ||||||||||||||||||
Cp2151 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 19918574 | 19923588 | ||||||||||||||||||
Af1153 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 20124170 | 20127095 | ||||||||||||||||||
Af1682 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 20153460 | 20156597 | ||||||||||||||||||
Af1671 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 21057080 | 21059316 | ||||||||||||||||||
Bf0207 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22005783 | 22011411 | ||||||||||||||||||
Cp0021 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22305297 | 22307562 | ||||||||||||||||||
Lp0028 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22362548 | 22366644 | ||||||||||||||||||
Lp0141 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22386727 | 22388706 | ||||||||||||||||||
Cp1617 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22436685 | 22438478 | ||||||||||||||||||
Vt0018 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22471208 | 22474774 | ||||||||||||||||||
Bf0122 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22471208 | 22474774 | ||||||||||||||||||
Al0615 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22607375 | 22611126 | ||||||||||||||||||
Fb1121 | Fb1121.lg | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22635764 | 22640239 | |||||||||||||||||
Fb0296 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22689124 | 22695586 | ![]() | C_unshiu_01495 | 60336 | 62557 | Hypothetical protein | RP-06.1 | 10.382 | |||||||||||
Af1567 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 22759341 | 22763218 | ||||||||||||||||||
Af1111 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23021193 | 23023457 | ![]() | C_unshiu_00172 | 270783 | 273047 | Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 13 | AGI-06 | 83.445 | |||||||||||
Af1411 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23073191 | 23078049 | ||||||||||||||||||
Af1681 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23163673 | 23168238 | ||||||||||||||||||
Tf0101 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23163673 | 23168238 | ||||||||||||||||||
Af1502 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23243926 | 23246266 | ||||||||||||||||||
Vt0033 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23695881 | 23697100 | ||||||||||||||||||
Al0427 | Al0247.em | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23695881 | 23697100 | |||||||||||||||||
Tf0114 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23826323 | 23829613 | ||||||||||||||||||
Fb1170 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23829862 | 23832918 | ||||||||||||||||||
Af1097 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23829862 | 23832918 | ||||||||||||||||||
Cp2092 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23859016 | 23862998 | ||||||||||||||||||
Cp1224 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23891814 | 23893095 | ||||||||||||||||||
Ov0403 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | SI136,SI298,SI325 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23891814 | 23893095 | ![]() | C_unshiu_00081 | 296655 | 297936 | Chlorophyll a/b binding protein | AGI-06 | 61.779 | KmG-06 | 12.610 | JtR-06S | ||||||
Gn0083 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23891814 | 23893095 | ||||||||||||||||||
Cp0589 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 23891814 | 23893095 | ||||||||||||||||||
Cp1501 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 24336809 | 24337802 | ||||||||||||||||||
Cp0591 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 24336809 | 24337802 | ||||||||||||||||||
Af1609 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 24533044 | 24538470 | ||||||||||||||||||
Af1145 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 24565857 | 24567752 | ||||||||||||||||||
Lp0229 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 24637053 | 24639946 | ![]() | C_unshiu_00136 | 221432 | 223640 | ARM repeat superfamily protein | RP-06.1 | 25.198 | |||||||||||
Tf0134 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 24667102 | 24672331 | ||||||||||||||||||
Af1026 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 24690261 | 24692734 | ![]() | C_unshiu_00136 | 278221 | 280719 | Period circadian protein, putative isoform 1 | RP-06.1 | 24.027 | |||||||||||
Cp0026 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 24938686 | 24943643 | ![]() | C_unshiu_00472 | 85278 | 89618 | Putative ADP-glucose pyrophosphorylase small subunit | AGI-06 | 72.449 | |||||||||||
Fb0389 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 25179668 | 25188103 | ![]() | C_unshiu_00087 | 209767 | 218135 | Putative pesticidal crystal cry8Ba-like | AGI-08 | 56.850 | |||||||||||
Cp1011 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 25346439 | 25350875 | ![]() | C_unshiu_00087 | 398683 | 402763 | ZZ-type zinc finger-containing 3 | AGI-09 | 115.692 | |||||||||||
Bf0167 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26011586 | 26016025 | ||||||||||||||||||
Tf0173 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26097343 | 26099320 | ![]() | C_unshiu_00259 | 219790 | 227265 | Hypothetical protein | RP-06.1 | 28.110 | |||||||||||
Af1564 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26206635 | 26210648 | ||||||||||||||||||
Al0635 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26435540 | 26438838 | ![]() | C_unshiu_00197 | 251131 | 253300 | GAGA-binding transcriptional activator | AGI-06 | 69.195 | KmG-06 | 15.268 | JtR-06S | 1.903 | NAT-06S | 7.869 | ||||
Al0635.2 | Al0635.k | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26435540 | 26438838 | |||||||||||||||||
Af1441 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26435540 | 26438838 | ||||||||||||||||||
Af1056 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26595972 | 26598955 | ![]() | C_unshiu_00262 | 84573 | 87520 | Purple acid phosphatase 3 | AGI-06 | 66.320 | |||||||||||
Al0224 | AAvailable marker | - | O | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26630154 | 26632900 | ![]() | C_unshiu_00262 | 115955 | 118351 | Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 27 | AGI-06 | 67.116 | KmG-06 | 17.100 | JtR-06S | 3.805 | NAT-06S | 8.025 | RP-06.1 | 28.576 | ||
Af1616 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26817593 | 26820324 | ||||||||||||||||||
Af1236 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26852381 | 26857537 | ||||||||||||||||||
Tf0366 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 26890335 | 26894409 | ||||||||||||||||||
Fb1611 | - | - | - | - | - | - | SI071 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27030188 | 27034752 | No | ||||||||||||||||
Cp0431 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27084177 | 27089027 | ![]() | C_unshiu_00017 | 248152 | 252850 | E3 ubiquitin protein ligase RIE1 | AGI-06 | 60.660 | ||||||||||
Al0602 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27141148 | 27141869 | ![]() | C_unshiu_00017 | 304994 | 305523 | Hypothetical protein | KmG-06 | 18.450 | JtR-06S | 3.805 | ||||||||
Lp0203 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27167289 | 27171203 | ||||||||||||||||||
Mf0064 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27344587 | 27346090 | ||||||||||||||||||
Al0023 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27479907 | 27486732 | ||||||||||||||||||
Af1335 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27549660 | 27551146 | ||||||||||||||||||
Cp0459 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27549660 | 27551146 | ![]() | C_unshiu_00017 | 707192 | 708314 | NADH dehydrogenase-like complex L | AGI-06 | 74.140 | |||||||||||
Lp0104 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27579627 | 27581411 | ||||||||||||||||||
Wy0053 | Wy0053.k | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27579627 | 27581411 | |||||||||||||||||
Af1299 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27638163 | 27639131 | ||||||||||||||||||
Af1593 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27738397 | 27741912 | ![]() | C_unshiu_00745 | 82265 | 85742 | Prolactin regulatory element-binding protein, putative | AGI-06 | 61.501 | |||||||||||
Af1294 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27774863 | 27778271 | ||||||||||||||||||
Mf0096 | OOthers | - | - | - | - | - | - | SI249,SI333 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27774863 | 27778271 | ![]() | C_unshiu_00745 | 48150 | 62370 | Hypothetical protein | AGI-06 | 60.007 | KmG-06 | 22.141 | JtR-06S | 5.708 | NAT-06S | 10.082 | |||
Af1244b | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 27779247 | 27785501 | ||||||||||||||||||
Wy0037 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 28046592 | 28048907 | ||||||||||||||||||
Cp0564 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 28189350 | 28194237 | ||||||||||||||||||
Cp0566 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 28732941 | 28736344 | ||||||||||||||||||
Af1689 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 28761649 | 28766750 | ||||||||||||||||||
Af1042 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 28786444 | 28788097 | No | AGI-06 | 55.700 | |||||||||||||||
Af1306 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 28968668 | 28973736 | ||||||||||||||||||
Bf0200 | OOthers | - | - | - | - | - | - | SI335 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29022433 | 29030724 | ![]() | C_unshiu_00022 | 308324 | 316293 | Glutamine-tRNA ligase / glutaminyl-tRNA synthetas, putative isoform 1 | |||||||||||
Af1312 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29022433 | 29030537 | ![]() | C_unshiu_00022 | 308324 | 316293 | Glutamine-tRNA ligase / glutaminyl-tRNA synthetas, putative isoform 1 | AGI-06 | 37.883 | |||||||||||
Tf0035 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29047758 | 29049298 | ||||||||||||||||||
Wy0058 | Wy0058.em | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29140509 | 29143804 | ![]() | C_unshiu_00022 | 424974 | 428249 | Plastid ribosomal protein L15 | ||||||||||||
Ov0119 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29172772 | 29175757 | ||||||||||||||||||
Tf0343 | AtAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29204680 | 29206501 | ![]() | C_unshiu_00022 | 489282 | 490950 | High mobility group B protein 7 | AGI-06 | 44.393 | ||||||||||
Af1053 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29206818 | 29208977 | ||||||||||||||||||
Af1491a | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29258052 | 29260162 | ||||||||||||||||||
Af1174 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29314176 | 29319032 | ||||||||||||||||||
Bf0201 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29370560 | 29376244 | ||||||||||||||||||
Cp0758 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29452639 | 29459747 | ||||||||||||||||||
Af1494 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29644507 | 29646280 | ||||||||||||||||||
Cp0214 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29732249 | 29735969 | ![]() | C_unshiu_00073 | 178507 | 182191 | MOSC domain-containing protein 2, mitochondrial | AGI-06 | 46.660 | ||||||||||
Af1283 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29757723 | 29762309 | ||||||||||||||||||
Cp1629 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 29783148 | 29785224 | ||||||||||||||||||
Af1446 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 30435790 | 30437278 | ||||||||||||||||||
If0009 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 30599335 | 30602528 | ||||||||||||||||||
Bf0160 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 30599335 | 30602528 | ||||||||||||||||||
Al0222 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 30607996 | 30610863 | ||||||||||||||||||
Cp0221 | ULess informative for main cultivars | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 30648531 | 30649856 | ![]() | C_unshiu_00125 | 360098 | 361069 | Photosystem I reaction center subunit III | ||||||||||||
Bf0124 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 30660124 | 30670009 | ||||||||||||||||||
Tf0374 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 30886469 | 30892663 | ||||||||||||||||||
Tf0409 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 30886469 | 30892663 | ||||||||||||||||||
Lp0033 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 30923398 | 30926574 | ||||||||||||||||||
Ov0412 | OOthers | - | - | - | - | O | O | SI050,SI222 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31036088 | 31038222 | ![]() | C_unshiu_00143 | 67475 | 69537 | SEC14 cytosolic factor family protein | AGI-06 | 42.110 | KmG-06 | 39.373 | JtR-06S | 15.372 | |||||
Cp1567 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31148849 | 31150616 | ||||||||||||||||||
Wy0035 | ULess informative for main cultivars | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31148849 | 31150616 | ![]() | C_unshiu_00292 | 110620 | 112650 | FAD-binding Berberine family protein | AGI-06 | 36.863 | ||||||||||
Af1313 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31222299 | 31225439 | ||||||||||||||||||
Tf0253 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31420457 | 31425299 | ||||||||||||||||||
Tf0432 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31420457 | 31425299 | ![]() | C_unshiu_00091 | 370141 | 375026 | Nuclear transcription factor Y subunit A-7 | AGI-06 | 38.958 | ||||||||||
Tf0218 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31489811 | 31497594 | ||||||||||||||||||
Tf0395 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31489811 | 31497594 | ||||||||||||||||||
Af1010 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31656510 | 31666206 | ||||||||||||||||||
Tf0452 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31740431 | 31747095 | ||||||||||||||||||
Tf0185 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31740431 | 31747095 | ||||||||||||||||||
Wy0056 | Wy0056.em | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31740431 | 31747095 | ![]() | C_unshiu_00027 | 521555 | 527308 | Auxin response factor | AGI-06 | 36.788 | |||||||||
Cp0207 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31851698 | 31857541 | ||||||||||||||||||
Em0001 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 31927342 | 31929229 | ![]() | C_unshiu_00027 | 345067 | 346727 | 50S ribosomal protein L14, chloroplastic | AGI-06 | 35.643 | |||||||||||
Al0005 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32032365 | 32035492 | ||||||||||||||||||
Af1693 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32069149 | 32072079 | ![]() | C_unshiu_00027 | 205885 | 208484 | DERLIN-2.2 isoform 1 | AGI-06 | 35.794 | |||||||||||
Cp0381 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32155295 | 32158290 | ||||||||||||||||||
Af1104 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32155298 | 32158290 | ||||||||||||||||||
Lp0140 | MDisagree by Marco analysis | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32629908 | 32634194 | ![]() | C_unshiu_00070 | 393864 | 397918 | Universal stress protein A-like protein | KmG-02 | 12.229 | JtR-02 | 2.765 | RP-02 | 8.172 | ||||||
Al0647 | MDisagree by Marco analysis | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32640743 | 32643349 | ![]() | C_unshiu_00070 | 403765 | 406305 | Nitric oxide synthase-interacting protein homolog | AGI-06 | KmG-06 | 46.877 | |||||||||
Gn0045 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32720609 | 32721917 | ||||||||||||||||||
Af0008 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32749064 | 32749699 | ||||||||||||||||||
Al0201 | ULess informative for main cultivars | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32780830 | 32782885 | ![]() | C_unshiu_00153 | 346248 | 348256 | Armadillo/beta-catenin-like repeat family protein, expressed | ||||||||||||
Al0236 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32806565 | 32812384 | ||||||||||||||||||
Af1445 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32880456 | 32882923 | ||||||||||||||||||
Lp0221 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32960362 | 32966170 | ||||||||||||||||||
Af1127 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 32998560 | 33003916 | ||||||||||||||||||
Tf0004 | - | - | - | - | - | - | SI219,SI330 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33074821 | 33084014 | ![]() | C_unshiu_00153 | 66406 | 75053 | Putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3-like 2 | AGI-06 | 32.312 | ||||||||||
Cp1572 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33198880 | 33205481 | ||||||||||||||||||
Vs0005 | OOthers | O | - | - | - | - | - | SI022,SI075 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33216839 | 33219042 | ![]() | C_unshiu_00002 | 1511809 | 1513915 | Epoxide hydrolase 2 | AGI-06 | 31.521 | KmG-02 | 59.329 | JtR-06S | 50.000 | NAT-06S | 50.000 | |||
Cp0042 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33409222 | 33411202 | ||||||||||||||||||
Af1477 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33561487 | 33563802 | ||||||||||||||||||
Cp0784 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33561487 | 33563802 | ||||||||||||||||||
Tf0273 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33593642 | 33595988 | ||||||||||||||||||
Al0641 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33624492 | 33626591 | ||||||||||||||||||
Af1249 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33660011 | 33663665 | ||||||||||||||||||
Al0633 | OOthers | O | - | - | - | - | O | SI123 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33837403 | 33842156 | ![]() | C_unshiu_00002 | 901824 | 911260 | Vascular plant one zinc finger protein isoform 1 | KmG-06 | 55.857 | JtR-06S | 59.645 | NAT-06S | 51.106 | RP-06.2 | 27.837 | |||
Mf0083 | Bno homozygous cultivar with minor allele | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 33837403 | 33842156 | No | AGI-06 | 39.963 | ||||||||||||||
Cp0537 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34189216 | 34193815 | ![]() | C_unshiu_00002 | 543564 | 547918 | Protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 10 | AGI-06 | 25.930 | ||||||||||
Tf0095 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34412152 | 34415059 | ||||||||||||||||||
Af1320 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34602479 | 34604518 | ||||||||||||||||||
Af1631 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34609196 | 34614203 | ||||||||||||||||||
Tf0344 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34624236 | 34631123 | ![]() | C_unshiu_00002 | 124392 | 131264 | Floral homeotic protein AGAMOUS | AGI-06 | 24.216 | ||||||||||
Af1380 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34764294 | 34766390 | ||||||||||||||||||
Al0414 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34775232 | 34780330 | ||||||||||||||||||
Af1440 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34817075 | 34823291 | ||||||||||||||||||
Lp0121 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34829300 | 34831997 | ||||||||||||||||||
Lp0020 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34841952 | 34844319 | ||||||||||||||||||
Af1351 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34918217 | 34919258 | ||||||||||||||||||
Cp2079 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 34993442 | 34996954 | ||||||||||||||||||
Af1580 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35013848 | 35015439 | ![]() | C_unshiu_00048 | 512885 | 514767 | NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein isoform 2 | AGI-06 | 20.932 | |||||||||||
Ov0325 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35180594 | 35182774 | ![]() | C_unshiu_00048 | 359734 | 361893 | SGS domain-containing protein | NAT-082 | 48.374 | |||||||||||
Mf0048 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35204970 | 35210387 | ||||||||||||||||||
Al0417 | MDisagree by Marco analysis | O | - | - | - | - | - | SI244,SI255 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35212691 | 35214865 | ![]() | C_unshiu_00048 | 328418 | 330513 | Kelch repeat-containing F-box family protein | AGI-06 | 20.297 | KmG-06 | 62.256 | NAT-06S | 56.647 | |||||
Bf0110 | - | - | - | - | - | - | SI297 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35235517 | 35237892 | ![]() | C_unshiu_00048 | 306412 | 308620 | 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 1 | ||||||||||||
Al0504 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35273688 | 35277908 | ||||||||||||||||||
Af1378 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35273688 | 35277907 | ||||||||||||||||||
Lp0043 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35334245 | 35336841 | |||||||||||||||||
Ov0128 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35334245 | 35336841 | |||||||||||||||||
Cp0101 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35349063 | 35350706 | ||||||||||||||||||
Bf0028 | DDominant marker | O | - | - | O | - | - | SI001 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35354776 | 35363026 | ![]() | C_unshiu_00048 | 179733 | 188796 | Soluble starch synthase III-1 | AGI-06 | 17.966 | |||||||||
Cp0384 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35422598 | 35425980 | ![]() | C_unshiu_00048 | 111764 | 114820 | APS reductase | AGI-06 | 19.002 | ||||||||||
Cp0070 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35429103 | 35435228 | ||||||||||||||||||
Af1340 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35470078 | 35472862 | ||||||||||||||||||
If0003 | Bno homozygous cultivar with minor allele | - | - | - | - | - | - | SI130 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35470078 | 35472862 | ![]() | C_unshiu_00048 | 64652 | 67377 | Aminomethyltransferase | AGI-06 | 18.136 | JtR-06S | 67.371 | |||||||
Tf0060 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35513796 | 35516719 | ||||||||||||||||||
If0002 | MDisagree by Marco analysis | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35546692 | 35549207 | ![]() | C_unshiu_01497 | 10215 | 14601 | YggS family pyridoxal phosphate enzyme | AGI-06 | 19.002 | KmG-06 | 62.901 | ||||||||
Tf0119 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35564238 | 35570619 | ![]() | C_unshiu_01497 | 20297 | 33375 | Hypothetical protein | AGI-06 | 19.002 | ||||||||||
Vt0001 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35624935 | 35628855 | ![]() | C_unshiu_00337 | 2684 | 6536 | Subtilase family protein | AGI-06 | 16.327 | KmG-06 | 68.041 | ||||||||
Tf0209 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35642412 | 35646764 | ||||||||||||||||||
Tf0387 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35642412 | 35646764 | ||||||||||||||||||
Af1395 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35656845 | 35659383 | ||||||||||||||||||
Cp0071 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35681538 | 35687125 | ||||||||||||||||||
Fb1685 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35693249 | 35696515 | ||||||||||||||||||
Gn0005 | MDisagree by Marco analysis | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35693249 | 35696515 | ![]() | C_unshiu_00337 | 68883 | 71725 | Fibrillin | AGI-06 | 16.857 | KmG-06 | 63.840 | NAT-06S | 59.976 | ||||||
Gn0005.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35693249 | 35696515 | ||||||||||||||||||
Af1642 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35693249 | 35696515 | ||||||||||||||||||
Cp1577 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35732486 | 35736448 | ||||||||||||||||||
Fb0104 | OOthers | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35758546 | 35760859 | ![]() | C_unshiu_00337 | 135198 | 136991 | Tropinone reductase like | AGI-06 | 16.857 | RP-06.2 | 16.271 | ||||||||
Af1288 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35803512 | 35805985 | ||||||||||||||||||
Af1009 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35818327 | 35822366 | ||||||||||||||||||
Af1155 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35836830 | 35839763 | ||||||||||||||||||
Af1024 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35841859 | 35844177 | ||||||||||||||||||
Gn0073 | AAvailable marker | O | O | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35895662 | 35898841 | ![]() | C_unshiu_00077 | 30410 | 32987 | Tonoplast dicarboxylate transporter | AGI-06 | 12.402 | ||||||||||
Al0508 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35920186 | 35922196 | ||||||||||||||||||
Af1222 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35934589 | 35935920 | ||||||||||||||||||
Bf0193 | O | - | - | - | - | - | SI100,SI109 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35970577 | 35973973 | ![]() | C_unshiu_00077 | 102078 | 105358 | Scarecrow-like transcription factor PAT1 | RP-06.2 | 14.065 | ||||||||||
Tf0330 | - | - | - | - | - | - | SI064,SI139 | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35970577 | 35973973 | ![]() | C_unshiu_00077 | 102078 | 105358 | Scarecrow-like transcription factor PAT1 | AGI-06 | 13.470 | ||||||||||
Af1176 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 35980341 | 35983262 | ||||||||||||||||||
Af1489 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 36078501 | 36081245 | ||||||||||||||||||
Al0607 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 36163290 | 36165355 | ||||||||||||||||||
Tf0225 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 36211961 | 36216858 | ||||||||||||||||||
Tf0402 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_2 | 36211961 | 36216858 | ![]() | C_unshiu_00077 | 335424 | 340163 | MYB-CC type transfactor | AGI-06 | 9.560 | |||||||||||
Tf0086 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 62157 | 67039 | ||||||||||||||||||
Tf0277 | OOthers | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 181596 | 185335 | |||||||||||||||||
Af0014 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 253879 | 254627 | ||||||||||||||||||
If0218 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 449407 | 451690 | ||||||||||||||||||
Al0320 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 541575 | 543121 | ![]() | C_unshiu_01206 | 4346 | 5819 | Phosphoenolpyruvate carboxylase family protein | JtR-05 | 23.890 | |||||||||||
Al0320.2 | Al0320.em | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 541575 | 543121 | ![]() | C_unshiu_01206 | 4346 | 5819 | Phosphoenolpyruvate carboxylase family protein | JtR-05 | 23.890 | |||||||||
Cp1487 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 541575 | 543121 | ||||||||||||||||||
Al0321.2 | MDisagree by Marco analysis | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 541575 | 543121 | |||||||||||||||||
Af1562 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 548048 | 549062 | ||||||||||||||||||
Af1114 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 602713 | 605468 | ||||||||||||||||||
Af1073 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 632882 | 635612 | ||||||||||||||||||
Gmom11 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 680835 | 684433 | ||||||||||||||||||
Wy0100 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 688264 | 692703 | ||||||||||||||||||
Cp0403 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 749176 | 751194 | ||||||||||||||||||
Cp2048 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 807021 | 808331 | ||||||||||||||||||
Fb0423 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 867235 | 871452 | ||||||||||||||||||
Fb0130 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 894965 | 897547 | ||||||||||||||||||
Tf0289 | - | - | - | - | - | - | SI207 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 915818 | 919213 | ![]() | C_unshiu_01070 | 43545 | 46732 | Putative E3 ubiquitin-protein ligase UBR7 | ||||||||||||
Tf0439 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 915818 | 919213 | ||||||||||||||||||
Af1090 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 951691 | 958430 | ||||||||||||||||||
Ov0102 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 972289 | 976751 | ||||||||||||||||||
Tf0010 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1054257 | 1056078 | ![]() | C_unshiu_00609 | 77883 | 79313 | Putative WRKY transcription factor 41 | AGI-05 | ||||||||||||
Cp0401 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1056116 | 1057706 | ||||||||||||||||||
Af1237 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1058012 | 1060668 | ||||||||||||||||||
Tf0127 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1084467 | 1086978 | ||||||||||||||||||
Al0217 | Bno homozygous cultivar with minor allele | - | - | - | - | - | - | SI350 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1203357 | 1206483 | No | KmG-05S | JtR-05 | 25.182 | ||||||||||||
Al0218.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1203357 | 1206483 | ||||||||||||||||||
Af1209 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1281119 | 1281817 | ||||||||||||||||||
Tf0091 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1301192 | 1305787 | ||||||||||||||||||
Ov0312 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1344192 | 1349935 | ![]() | C_unshiu_00541 | 170170 | 175878 | Spastin | SA-09 | 8.022 | |||||||||||
Af1267 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1465301 | 1468225 | ||||||||||||||||||
Cp2046 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1465301 | 1468225 | ||||||||||||||||||
Lp0139 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1470163 | 1473304 | ||||||||||||||||||
Bf0156 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1470163 | 1473304 | ||||||||||||||||||
Cp0243 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1582675 | 1586208 | ||||||||||||||||||
Tf0141 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1593979 | 1598159 | ||||||||||||||||||
Tf0342 | - | - | - | - | - | - | SI151 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1649410 | 1655963 | ![]() | C_unshiu_00343 | 203038 | 209504 | DNA repair helicase | AGI-05 | 5.510 | ||||||||||
Lp0021 | AtAvailable marker | O | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1771668 | 1774647 | ![]() | C_unshiu_00534 | 53508 | 55845 | Aquaporin | ||||||||||||
Gmom03 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1864604 | 1871328 | ![]() | C_unshiu_01325 | 7876 | 14474 | Bromo-adjacent-like (BAH) domain protein | AGI-05 | 7.888 | |||||||||||
Cp1586 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 1881156 | 1887598 | ||||||||||||||||||
Fb0346 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2002427 | 2008126 | ||||||||||||||||||
Tf0447 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2002427 | 2008126 | ||||||||||||||||||
Cp1405 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2002427 | 2008126 | ||||||||||||||||||
Tf0152 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2002427 | 2008126 | ![]() | C_unshiu_01105 | 3681 | 8106 | AT-hook motif nuclear localized protein 1 | AGI-05 | 8.506 | ||||||||||
Vs0004 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2078691 | 2083111 | ![]() | C_unshiu_00490 | 182148 | 190847 | Nucleosome assembly protein | KmG-06 | 51.244 | |||||||||||
Tf0317 | - | - | - | - | - | - | SI145 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2106810 | 2109266 | ![]() | C_unshiu_00490 | 159122 | 161521 | Transcription factor bHLH47 | ||||||||||||
Af1029 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2110308 | 2113166 | ||||||||||||||||||
Af1304 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2210485 | 2215202 | ||||||||||||||||||
Cp0500 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2292399 | 2293655 | ||||||||||||||||||
Af1198 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2319675 | 2322962 | ||||||||||||||||||
Tf0328 | - | - | - | - | - | - | SI039,SI180 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2530708 | 2533942 | ![]() | C_unshiu_00509 | 178211 | 181426 | Transcription factor bHLH79 | ||||||||||||
Mf0020 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2645845 | 2647776 | No | SA-05 | 30.880 | |||||||||||||||
Mf0068 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2718186 | 2719011 | ||||||||||||||||||
Af1159 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2774465 | 2775592 | ||||||||||||||||||
Af1675 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2793365 | 2795811 | ||||||||||||||||||
Af1466 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2803785 | 2805325 | ||||||||||||||||||
Ov0012 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2933121 | 2937460 | ![]() | C_unshiu_00092 | 356984 | 361021 | Aldehyde dehydrogenase | KmG-05S | 100.000 | |||||||||||
Al0637 | AAvailable marker | O | - | - | - | - | O | SI353 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 2939620 | 2941934 | ![]() | C_unshiu_00092 | 363486 | 365791 | Spotted leaf protein, putative | |||||||||||
Al0317 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3006218 | 3008357 | ![]() | C_unshiu_00092 | 425854 | 427887 | CASP-like protein 4A2 | KmG-05S | 16.871 | JtR-05 | 9.525 | |||||||||
Al0318 | Al0318.2 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3006218 | 3008357 | ||||||||||||||||
Af1666 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3024295 | 3028262 | ||||||||||||||||||
Cp0965 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3201206 | 3204377 | ||||||||||||||||||
Af1253 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3201206 | 3204377 | ![]() | C_unshiu_00163 | 211551 | 214568 | Phosphate/phosphoenolpyruvate translocator | AGI-05 | 24.709 | |||||||||||
Cp1912 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3241862 | 3247042 | ||||||||||||||||||
Af1158 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3241862 | 3247042 | ||||||||||||||||||
Cp2223 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3483334 | 3485637 | ![]() | C_unshiu_00933 | 86958 | 89273 | Protein LATERAL ORGAN BOUNDARIES | AGI-05 | 25.049 | ||||||||||
Bf0174 | O | - | - | - | - | - | SI282 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3551542 | 3555978 | ![]() | C_unshiu_00120 | 130029 | 134158 | Atp-dependent RNA helicase | AGI-05 | 25.049 | ||||||||||
Af1367 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3643442 | 3647377 | ||||||||||||||||||
Af1357 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3650294 | 3652372 | ||||||||||||||||||
Cp1598 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3802387 | 3805494 | ![]() | C_unshiu_00849 | 72935 | 75824 | 31 kDa ribonucleoprotein | AGI-05 | 12.715 | ||||||||||
Af1643 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3802387 | 3805494 | ||||||||||||||||||
Cp2112 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3915455 | 3918620 | ||||||||||||||||||
Lp0215 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3919656 | 3924283 | ||||||||||||||||||
Ov0316 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3963024 | 3966516 | ![]() | C_unshiu_00318 | 155111 | 158235 | Zinc finger CCCH domain-containing protein 43 | JtR-05 | 31.749 | |||||||||||
Ov0317 | Ov0316.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3963024 | 3966516 | |||||||||||||||||
Af1633 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3963024 | 3966516 | ![]() | C_unshiu_00318 | 155111 | 158235 | Zinc finger CCCH domain-containing protein 43 | AGI-07 | 67.201 | |||||||||||
Tf0051 | - | - | - | - | - | - | SI027,SI214 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 3964036 | 3966516 | ![]() | C_unshiu_00318 | 155111 | 158235 | Zinc finger CCCH domain-containing protein 43 | AGI-05 | 25.590 | ||||||||||
Cp2229 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4117485 | 4120274 | ![]() | C_unshiu_00318 | 44376 | 47085 | Nucleoside diphosphate kinase | AGI-05 | 27.135 | ||||||||||
Al0312 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4144939 | 4148359 | ||||||||||||||||||
Af1679 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4260126 | 4262819 | ![]() | C_unshiu_00186 | 288266 | 290432 | Adenylate kinase | AGI-05 | 29.035 | |||||||||||
Al0207 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4366802 | 4370111 | ![]() | C_unshiu_00186 | 178635 | 181547 | SNF1-related protein kinase regulatory subunit gamma-1 | AGI-09 | 84.537 | JtR-09S | 9.929 | ||||||||
Af1594 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4401159 | 4407506 | ||||||||||||||||||
Af1453 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4663211 | 4664667 | ![]() | C_unshiu_01589 | 29063 | 37936 | Hypothetical protein | AGI-05 | 27.956 | |||||||||||
Ov0409 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4736047 | 4740432 | ||||||||||||||||||
Tf0294 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4794701 | 4799518 | ![]() | C_unshiu_00135 | 398519 | 403121 | Ureidoglycine aminohydrolase isoform 1 | AGI-05 | 27.135 | ||||||||||
Cp1533 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4831751 | 4834270 | ![]() | C_unshiu_00768 | 110682 | 113065 | Lil3 protein | AGI-05 | 29.039 | |||||||||||
Tf0331 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4831751 | 4834270 | ||||||||||||||||||
Cp1529 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4840947 | 4846859 | ||||||||||||||||||
Tf0158 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4883124 | 4889593 | ||||||||||||||||||
Wy0006 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4903592 | 4905871 | ![]() | C_unshiu_00628 | 38419 | 40239 | Bax inhibitor 1 | KmG-05S | 19.072 | JtR-05 | 19.698 | NAT-05 | 21.803 | |||||||
Bf0165 | - | - | - | - | - | - | SI280 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4903592 | 4905871 | ![]() | C_unshiu_00628 | 38419 | 40239 | Bax inhibitor 1 | AGI-05 | 29.035 | NAT-05 | 23.083 | RP-05 | 19.690 | ||||||
Af1396 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4920662 | 4923421 | ![]() | C_unshiu_00520 | 166824 | 167867 | Ribosomal protein L19 family protein | AGI-05 | 28.041 | |||||||||||
Af1488 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 4959826 | 4964659 | ||||||||||||||||||
Edw004 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5253281 | 5254755 | ||||||||||||||||||
Bf0158 | - | O | - | O | - | - | SI376 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5253281 | 5254755 | ![]() | C_unshiu_00795 | 22534 | 23534 | Ethylene responsive element binding factor, putative | AGI-05 | 29.035 | NAT-05 | 21.258 | RP-05 | 20.825 | ||||||
Wy0018 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5318874 | 5321054 | ![]() | C_unshiu_00442 | 123398 | 125451 | Homeobox-leucine zipper protein HAT3 | AGI-05 | 29.033 | KmG-05S | 20.128 | JtR-05 | 19.008 | ||||||
Tf0262 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5318874 | 5321054 | ||||||||||||||||||
Tf0301 | - | - | - | - | - | - | SI182 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5318874 | 5321054 | ![]() | C_unshiu_00442 | 123398 | 125451 | Homeobox-leucine zipper protein HAT3 | ||||||||||||
Tf0436 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5318874 | 5321054 | ||||||||||||||||||
Ov0301 | Bno homozygous cultivar with minor allele | - | - | - | - | - | - | SI078 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5360113 | 5362918 | ![]() | C_unshiu_00442 | 163615 | 166153 | Transcription factor | KmG-05S | 23.526 | JtR-05 | 19.932 | RP-05 | 21.590 | |||||
Ov0302 | Ov0301.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5360113 | 5362918 | ![]() | C_unshiu_00442 | 163615 | 166153 | Transcription factor | ||||||||||||
Tf0017 | - | - | - | - | - | - | SI285 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5360113 | 5362918 | ![]() | C_unshiu_00442 | 163615 | 166153 | Transcription factor | AGI-05 | 28.617 | ||||||||||
Ov0006 | Bno homozygous cultivar with minor allele | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5360113 | 5362918 | ![]() | C_unshiu_00442 | 163615 | 166153 | Transcription factor | KmG-05S | 25.587 | JtR-08 | 27.669 | ||||||||
Ov0007.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5360113 | 5362918 | ||||||||||||||||||
Tf0186 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5382490 | 5385009 | ||||||||||||||||||
Gn0050 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5382490 | 5385009 | ![]() | C_unshiu_00014 | 637698 | 638678 | CRT binding factor 3 | AGI-05 | 29.035 | KmG-05S | 21.884 | JtR-05 | 19.008 | |||||||
Wy0046 | Wy0046.k | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5382490 | 5385009 | |||||||||||||||||
Al0311 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5456336 | 5459361 | ||||||||||||||||||
Af1452 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5518457 | 5529974 | ![]() | C_unshiu_00900 | 20186 | 30140 | Pheromone-processing carboxypeptidase kex1 | AGI-05 | 29.863 | |||||||||||
Wy0054 | Wy0054.em | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5585142 | 5593506 | |||||||||||||||||
Af1188 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5606601 | 5609366 | ||||||||||||||||||
Su0004 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5829459 | 5830556 | ||||||||||||||||||
Cp0073 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5972288 | 5978062 | ![]() | C_unshiu_00997 | 69257 | 75059 | Transaldolase | AGI-05 | 34.924 | |||||||||||
Al0516 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5981066 | 5985524 | ||||||||||||||||||
Af1164 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5981066 | 5985524 | ||||||||||||||||||
Ov0103 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 5991281 | 5995312 | ||||||||||||||||||
Fb1678 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6000266 | 6002833 | ![]() | C_unshiu_00997 | 44420 | 46811 | Putative axial regulator YABBY 2 | AGI-05 | 45.297 | |||||||||||
Af1099 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6072460 | 6076187 | ||||||||||||||||||
Bf0138 | MDisagree by Marco analysis | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6072460 | 6076187 | ![]() | C_unshiu_00428 | 119232 | 121021 | Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic | NAT-05 | 14.555 | RP-05 | 24.995 | ||||||||
Lp0143 | Bno homozygous cultivar with minor allele | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6076949 | 6080875 | ![]() | C_unshiu_00159 | 339926 | 343475 | Translation elongation factor G | AGI-05 | 45.297 | JtR-05 | 18.056 | ||||||||
Af1536 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6113049 | 6116055 | ||||||||||||||||||
Al0335 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6131214 | 6135849 | ||||||||||||||||||
Lp0207 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6140332 | 6142252 | ![]() | C_unshiu_01103 | 67531 | 69104 | Protein ODORANT1 | AGI-05 | 45.374 | RP-05 | 25.010 | |||||||||
Cp0076 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6329133 | 6332201 | ![]() | C_unshiu_01248 | 39031 | 42057 | ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP | AGI-05 | 35.411 | |||||||||||
Af1221 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6329133 | 6332201 | ||||||||||||||||||
Cp1490 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6369398 | 6372018 | ||||||||||||||||||
Al0326 | AAvailable marker | - | - | - | O | O | - | SI065,SI344 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6409311 | 6411254 | ![]() | C_unshiu_00443 | 62532 | 64193 | Zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8 | AGI-05 | 42.609 | KmG-05S | 32.841 | JtR-05 | 16.025 | RP-05 | 27.235 | |||
Al0327 | Al0326.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6409311 | 6411254 | |||||||||||||||||
Bf0233 | MDisagree by Marco analysis | O | - | - | - | - | - | SI359 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6502231 | 6504139 | ![]() | C_unshiu_00521 | 2449 | 4274 | Cytochrome P450 76C2 | AGI-05 | 42.581 | RP-05 | 27.235 | |||||||
If0222 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6541868 | 6545524 | ||||||||||||||||||
Cp1489 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6577360 | 6582553 | ||||||||||||||||||
Af1577 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6602994 | 6605239 | ||||||||||||||||||
Cp1488 | Cp1488.1 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6602994 | 6605239 | |||||||||||||||||
Cp1488.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6602994 | 6605239 | ||||||||||||||||||
Cp1585 | MDisagree by Marco analysis | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6602994 | 6605239 | ![]() | C_unshiu_00412 | 80300 | 82171 | Stay green protein | ||||||||||||
Tf0083 | - | - | - | - | - | - | SI129 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6602994 | 6605239 | ![]() | C_unshiu_00412 | 80300 | 82171 | Stay green protein | AGI-05 | 37.103 | ||||||||||
Tf0420 | AAvailable marker | O | O | O | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6602994 | 6605239 | ![]() | C_unshiu_00412 | 80300 | 82171 | Stay green protein | AGI-05 | 37.103 | ||||||||||
Tf0282 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6654997 | 6660313 | ||||||||||||||||||
Al0251 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6695171 | 6697430 | ||||||||||||||||||
Mf0091 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6748406 | 6756264 | ||||||||||||||||||
Tf0108 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 6828481 | 6829499 | ||||||||||||||||||
Af1036 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7016831 | 7019863 | ![]() | C_unshiu_00425 | 65596 | 68473 | Replication factor C subunit 2 | AGI-05 | 43.118 | |||||||||||
Tf0079 | MDisagree by Marco analysis | O | - | - | O | - | - | SI270,SI294 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7047024 | 7049430 | ![]() | C_unshiu_00425 | 35608 | 38027 | Heat stress transcription factor B-4 | AGI-05 | 45.092 | |||||||||
Af1276 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7080222 | 7081373 | ||||||||||||||||||
Cp1817 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7163697 | 7167661 | ||||||||||||||||||
Edp003 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7197712 | 7199779 | ||||||||||||||||||
Tf0115 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7197712 | 7199779 | ||||||||||||||||||
Gmom07 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7248627 | 7253007 | ||||||||||||||||||
Tf0099.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7286661 | 7290182 | ||||||||||||||||||
Cp1268 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7327436 | 7329167 | ![]() | C_unshiu_00199 | 87134 | 88461 | Light-harvesting complex I protein subunit a4 | AGI-05 | 44.864 | |||||||||||
Al0306 | Bno homozygous cultivar with minor allele | - | - | - | - | - | - | SI029 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7337405 | 7339222 | ![]() | C_unshiu_00199 | 77240 | 79028 | Expansin | JtR-05 | 23.944 | |||||||||
Al0307 | Al0307.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7337405 | 7339222 | |||||||||||||||||
Mf0017 | Bno homozygous cultivar with minor allele | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7337405 | 7339222 | ![]() | C_unshiu_00199 | 77240 | 79028 | Expansin | AGI-05 | 44.674 | ||||||||||
Cp2208 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7420176 | 7425027 | ![]() | C_unshiu_00995 | 39031 | 43144 | D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase isoform 1 | ||||||||||||
Af1160 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7425353 | 7428313 | ||||||||||||||||||
Fb0369 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 7792188 | 7795727 | ![]() | C_unshiu_01545 | 37559 | 39424 | AT-rich interactive domain-containing protein 2 | AGI-05 | 44.172 | KmG-05S | 30.809 | JtR-05 | 16.246 | |||||||
Ov0309 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8078609 | 8083078 | ||||||||||||||||||
Bf0177 | - | - | - | - | - | - | SI060 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8186689 | 8189902 | ![]() | C_unshiu_00154 | 341574 | 344576 | Phosphoserine phosphatase | AGI-05 | 44.047 | ||||||||||
Cp1815 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8256398 | 8257886 | ![]() | C_unshiu_00154 | 274299 | 275412 | Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 2 | AGI-05 | 51.501 | ||||||||||
Af1022 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8486491 | 8488997 | ||||||||||||||||||
Edp002 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8486491 | 8488997 | ||||||||||||||||||
Tf0145 | - | - | - | - | - | - | SI092 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8486491 | 8488997 | ![]() | C_unshiu_00154 | 49131 | 60112 | Floral homeotic protein APETALA 1 | ||||||||||||
Tf0376 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | SI072 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8528292 | 8529236 | ![]() | C_unshiu_00154 | 9832 | 10761 | CRT binding factor 3 | AGI-05 | 41.853 | |||||||||
Bf0103 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8556241 | 8560871 | ||||||||||||||||||
Cp0835 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8640420 | 8644420 | ||||||||||||||||||
Tf0001.2 | AAvailable marker | O | O | O | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8647529 | 8652282 | ![]() | C_unshiu_00580 | 75118 | 81473 | Transcription factor BIM1 | AGI-05 | 41.893 | ||||||||||
Tf0078.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8647529 | 8652282 | ||||||||||||||||||
Cp0125 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8718653 | 8721659 | ||||||||||||||||||
Af1101 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8843644 | 8845811 | ||||||||||||||||||
Cp1958 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8910454 | 8913829 | ||||||||||||||||||
Tf0350 | OOthers | O | - | - | - | - | - | SI132 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8914744 | 8921411 | ![]() | C_unshiu_00695 | 71483 | 77987 | Acetyl-coenzyme A synthetase | AGI-05 | 43.295 | |||||||||
Af1506 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 8914744 | 8921411 | ||||||||||||||||||
Af1595 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 9040181 | 9045543 | ||||||||||||||||||
Bf0402 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 9137249 | 9144663 | ![]() | C_unshiu_00058 | 104866 | 110977 | TRNA-specific adenosine deaminase-like protein 3 | AGI-05 | 43.970 | |||||||||||
Wy0010 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 9466071 | 9468445 | ||||||||||||||||||
Lp0235 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 9466071 | 9468445 | ![]() | C_unshiu_00227 | 186549 | 194369 | Nepenthesin II | AGI-05 | 43.412 | RP-05 | 44.731 | |||||||||
Af1471 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 9747775 | 9750640 | ||||||||||||||||||
Tf0268 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 10140904 | 10142752 | ![]() | C_unshiu_00149 | 326478 | 328059 | Transcription factor MYB21 | AGI-05 | 43.800 | ||||||||||
Tf0278 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 10140904 | 10142752 | ||||||||||||||||||
Edb005 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 10140904 | 10142752 | ||||||||||||||||||
Cp0540 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 10427313 | 10435293 | ![]() | C_unshiu_02340 | 2005 | 8306 | DNA repair protein reca, putative | AGI-05 | 42.191 | |||||||||||
Tf0011.2 | OOthers | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 11078798 | 11089090 | ![]() | C_unshiu_02207 | 9802 | 19021 | Hypothetical protein | AGI-05 | 42.191 | ||||||||||
Cp0106 | MDisagree by Marco analysis | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 11867765 | 11869679 | ![]() | C_unshiu_00741 | 44989 | 55203 | Wall associated kinase-like 6, putative | AGI-03 | 40.566 | ||||||||||
Af1273 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 12214029 | 12215007 | ||||||||||||||||||
Af1390 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 12254177 | 12259003 | ||||||||||||||||||
Cp2145 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 12413337 | 12415802 | ||||||||||||||||||
Af1007 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 12814731 | 12817148 | ||||||||||||||||||
Cp1628 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 12822911 | 12825620 | ![]() | C_unshiu_02666 | 10104 | 12687 | Rhodanese/cell cycle control phosphatase superfamily protein | AGI-05 | 41.272 | |||||||||||
Af1684 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 12901463 | 12904143 | ||||||||||||||||||
Cp2147 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 12945481 | 12949086 | ||||||||||||||||||
Vt0011 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 12984411 | 12986574 | ![]() | C_unshiu_00337 | 2684 | 6536 | Subtilase family protein | AGI-05 | 41.306 | JtR-05 | 37.780 | ||||||||
Tf0375 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 13034654 | 13036082 | ![]() | C_unshiu_00020 | 527751 | 528816 | Homeobox leucine zipper protein | AGI-05 | 40.558 | |||||||||||
Af1431 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 13145188 | 13150117 | ||||||||||||||||||
Cp1627 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 13309398 | 13310636 | ![]() | C_unshiu_00431 | 44507 | 45451 | Chloroplast small heat shock protein | AGI-05 | 41.272 | ||||||||||
Af0013 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 13416061 | 13417219 | ||||||||||||||||||
Fb0364 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | SI373 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 13810497 | 13813004 | ![]() | C_unshiu_00542 | 15940 | 18433 | Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like protein | AGI-05 | 41.306 | KmG-05S | 55.482 | JtR-05 | 39.609 | RP-05 | 56.834 | |||
Tf0135 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 13977377 | 13980070 | ||||||||||||||||||
Ov0515 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 14878427 | 14882285 | ![]() | C_unshiu_01955 | 21970 | 26584 | DUF760 family protein | KmG-01 | 40.558 | |||||||||||
Cp0280 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 14878427 | 14882285 | ||||||||||||||||||
Cp1330 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 14898168 | 14903449 | ||||||||||||||||||
Cp0319 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 14993579 | 14994805 | ||||||||||||||||||
Cte998 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 16078619 | 16080683 | ||||||||||||||||||
Af1047 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 16357227 | 16363309 | ![]() | C_unshiu_01252 | 60669 | 66705 | NADH dehydrogenase subunit 11 | AGI-05 | 41.306 | |||||||||||
Af1048 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 16357227 | 16363309 | ||||||||||||||||||
Ov0019 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 16357227 | 16363309 | ||||||||||||||||||
Af1500 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 16957427 | 16959735 | ||||||||||||||||||
Tf0153 | AAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 16957427 | 16959735 | ![]() | C_unshiu_01562 | 12059 | 15864 | Nascent polypeptide-associated complex subunit beta | AGI-05 | 41.267 | ||||||||||
Tf0154 | AAvailable marker | O | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 16957427 | 16959735 | ![]() | C_unshiu_01562 | 12059 | 15864 | Nascent polypeptide-associated complex subunit beta | ||||||||||||
Lp0109 | OOthers | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 17561127 | 17562695 | |||||||||||||||||
Ov0311 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 18341166 | 18342395 | ![]() | C_unshiu_00417 | 93426 | 94543 | Kunitz trypsin inhibitor | KmG-04 | 10.598 | NAT-09 | 82.730 | |||||||||
Wy0002 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 18472967 | 18473951 | ||||||||||||||||||
Af1635 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 18517469 | 18520307 | ||||||||||||||||||
Cp0190 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 18648426 | 18650443 | ![]() | C_unshiu_00618 | 20273 | 22297 | UPF0426 protein, chloroplastic | AGI-06 | 27.617 | ||||||||||
Cp2088 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 19244783 | 19251332 | ||||||||||||||||||
Tf0028 | - | - | - | - | - | - | SI377 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 19780711 | 19782241 | ![]() | C_unshiu_00443 | 195567 | 202424 | MADS-box transcription factor | ||||||||||||
Tf0128.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 19936499 | 19941380 | ||||||||||||||||||
Af1115 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 20577786 | 20583404 | ||||||||||||||||||
Cp0464 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 20750712 | 20753437 | ||||||||||||||||||
Bf0416 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 20762974 | 20770394 | ||||||||||||||||||
Cp1483 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 20762974 | 20770394 | ![]() | C_unshiu_00692 | 122321 | 129331 | Abhydrolase domain-containing protein 11 | AGI-05 | 41.162 | |||||||||||
Cp0832 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 20931939 | 20936268 | ||||||||||||||||||
Cp1556 | Bno homozygous cultivar with minor allele | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 21432494 | 21440948 | ![]() | C_unshiu_00175 | 91338 | 99600 | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2, chloroplastic | AGI-05 | 40.337 | ||||||||||
Cp0160 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 21940551 | 21944032 | ![]() | C_unshiu_00272 | 187755 | 191248 | Endoglucanase | AGI-05 | 41.267 | |||||||||||
Tf0007 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 22721217 | 22725936 | ||||||||||||||||||
Af1058 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 23001026 | 23009675 | ||||||||||||||||||
Af1337 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 23419574 | 23420180 | ||||||||||||||||||
Tf0122 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 24620623 | 24627357 | ![]() | C_unshiu_02869 | 1885 | 10204 | Hypothetical protein | AGI-05 | 41.306 | |||||||||||
Cp0278 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 24750794 | 24752907 | ![]() | C_unshiu_00286 | 73068 | 81236 | Hypothetical protein | AGI-04 | 122.142 | |||||||||||
Af1272 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 24796351 | 24800588 | ||||||||||||||||||
Af1087 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 24796351 | 24800588 | ![]() | C_unshiu_00286 | 132648 | 135466 | Glycine hydroxymethyltransferase | AGI-05 | 41.306 | |||||||||||
Ov0420 | MDisagree by Marco analysis | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 24840386 | 24845254 | ![]() | C_unshiu_00286 | 176709 | 181573 | Methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) | AGI-05 | 41.306 | JtR-05 | 41.208 | ||||||||
Ov0421 | Ov0420.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 24840386 | 24845254 | |||||||||||||||||
Bf0184 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 24893551 | 24898675 | ![]() | C_unshiu_00286 | 216376 | 220366 | Cysteine protease ATG4B | AGI-05 | 41.306 | |||||||||||
Af1606 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 24893551 | 24898675 | ||||||||||||||||||
Al0511 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 25053425 | 25057795 | ||||||||||||||||||
Af0016 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 25074163 | 25075916 | ![]() | C_unshiu_00117 | 38949 | 40765 | Hypothetical protein | AGI-05 | 41.306 | |||||||||||
Cp0921 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 25448858 | 25451858 | |||||||||||||||||
Cp0920 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 25452062 | 25455844 | ||||||||||||||||||
Al0412 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 25612741 | 25615635 | ||||||||||||||||||
Af1605 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 26297949 | 26304739 | ||||||||||||||||||
Mf0012 | AAvailable marker | - | - | - | - | - | O | SI131 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 26517176 | 26525778 | No | |||||||||||||||
Tf0071 | - | - | - | - | - | - | SI084,SI146 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 26610747 | 26612959 | ![]() | C_unshiu_00167 | 57300 | 62494 | HAUS augmin-like complex subunit | AGI-03 | 46.274 | ||||||||||
Af1581 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 27092414 | 27093612 | ||||||||||||||||||
Mf0085 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 28293142 | 28298913 | ||||||||||||||||||
Ov0503 | AtAvailable marker | O | - | - | - | - | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 28382218 | 28386683 | ![]() | C_unshiu_00585 | 31636 | 34824 | 60S ribosomal protein L5 | NAT-05 | 19.042 | ||||||||||
Ov0504 | Ov0503.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 28382218 | 28386683 | |||||||||||||||||
Gn0056 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 28382218 | 28386683 | ![]() | C_unshiu_00585 | 31636 | 34824 | 60S ribosomal protein L5 | AGI-05 | 39.424 | |||||||||||
Af1168 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 28389625 | 28390574 | ||||||||||||||||||
Tf0053 | - | - | - | - | - | - | SI305 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 29153425 | 29156189 | ![]() | C_unshiu_01169 | 39141 | 41442 | Peptide methionine sulfoxide reductase B5 | AGI-05 | 42.265 | ||||||||||
Af1342 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 29292111 | 29295993 | ||||||||||||||||||
Af1040 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 29351854 | 29354190 | ||||||||||||||||||
Gn0064 | ULess informative for main cultivars | O | - | - | - | - | - | SI144,SI380 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 29351854 | 29354190 | ![]() | C_unshiu_00549 | 39588 | 41921 | 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 1 | AGI-05 | 42.191 | RP-05 | 51.531 | |||||||
Wy0063 | Wy0063.em | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 29395094 | 29402560 | ![]() | C_unshiu_00549 | 83149 | 90542 | Splicing regulatory glutamine/lysine-rich protein 1 | AGI-01 | 33.445 | ||||||||||
Wy0064 | Wy0064.em | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 29395094 | 29402560 | ![]() | C_unshiu_00549 | 83149 | 90542 | Splicing regulatory glutamine/lysine-rich protein 1 | ||||||||||||
Al0405 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 30021998 | 30023908 | ||||||||||||||||||
Af1400 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 30042140 | 30047495 | ||||||||||||||||||
Af2871 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 30066339 | 30070903 | ||||||||||||||||||
Cp0532 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 30393811 | 30398972 | ![]() | C_unshiu_00501 | 133280 | 137847 | Solanesyl diphosphate synthase | AGI-05 | 42.168 | |||||||||||
Lp0102 | MDisagree by Marco analysis | O | - | - | - | - | - | SI080,SI319,SI360,SI378 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 30648732 | 30651259 | ![]() | C_unshiu_00759 | 917 | 3353 | Senescence-related gene 1 | AGI-05 | 42.737 | KmG-05S | 41.895 | JtR-05 | 28.682 | NAT-05 | 37.917 | RP-05 | 51.879 | |
Af1641 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 30721842 | 30725003 | ||||||||||||||||||
Af1612 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 30784119 | 30796076 | ||||||||||||||||||
Tf0183 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 30873886 | 30877367 | ||||||||||||||||||
Af1654 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 31133566 | 31137650 | ||||||||||||||||||
Mf0087 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 32063430 | 32064847 | ||||||||||||||||||
Af1184 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 32105774 | 32108155 | ||||||||||||||||||
Tf0089 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 32895854 | 32900578 | ||||||||||||||||||
Tf0421 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 32895854 | 32900578 | ||||||||||||||||||
Tf0352 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 32904023 | 32906262 | ||||||||||||||||||
Af1496 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 32904023 | 32906262 | ||||||||||||||||||
Mf0065 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 32925664 | 32929662 | ||||||||||||||||||
Ov0112 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 33252463 | 33253730 | ![]() | C_unshiu_01571 | 43836 | 45084 | Sulfotransferase | KmG-05S | 42.335 | RP-05 | 53.076 | ||||||||
Ov0113 | Ov0112.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 33252463 | 33253730 | |||||||||||||||||
Tf0133.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 33349690 | 33357142 | ||||||||||||||||||
Gmom05 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 33722934 | 33727855 | ||||||||||||||||||
Cp0748 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 34673451 | 34674900 | ![]() | C_unshiu_00669 | 103814 | 104779 | Light-dependent short hypocotyls protein | AGI-01 | 33.562 | |||||||||||
Tf0353 | MDisagree by Marco analysis | O | - | - | - | - | - | SI087 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 34696661 | 34702240 | ![]() | C_unshiu_00669 | 126539 | 133312 | Cell division cycle 5-like protein | AGI-08 | 53.069 | |||||||||
Lp0301.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 35321971 | 35324490 | ||||||||||||||||||
Gn0072.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 35321971 | 35324490 | ||||||||||||||||||
Gn0072.3 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 35321971 | 35324490 | ||||||||||||||||||
Ov0516 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 35332191 | 35335063 | ||||||||||||||||||
Af1317 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 35932198 | 35935023 | ||||||||||||||||||
Lp0225 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 35943915 | 35948556 | ||||||||||||||||||
Lp0111 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 36096009 | 36099799 | ||||||||||||||||||
Af1151 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 36608197 | 36611090 | ||||||||||||||||||
Af1427 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 36963026 | 36965935 | ||||||||||||||||||
Af1192 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 37094785 | 37098257 | ||||||||||||||||||
Af1592 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 37597624 | 37600961 | ||||||||||||||||||
Tf0012 | AAvailable marker | - | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 37601493 | 37607586 | ![]() | C_unshiu_00502 | 155419 | 162660 | Protein NLP8 | AGI-05 | 47.173 | ||||||||||
Al0024.2 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 37863407 | 37865625 | ||||||||||||||||||
Bf0401 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 37906090 | 37910975 | ||||||||||||||||||
Cp0646 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 38111191 | 38116265 | ||||||||||||||||||
Bf0121 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 38111191 | 38116265 | ||||||||||||||||||
Tf0411 | OOthers | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 38111191 | 38116265 | ![]() | C_unshiu_00523 | 100297 | 104594 | Putative transcription factor PosF21 | AGI-05 | 48.613 | ||||||||||
Tf0146 | OOthers | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 38111191 | 38116265 | |||||||||||||||||
Tf0081 | - | - | - | - | - | - | SI038,SI324 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 38214468 | 38216861 | ![]() | C_unshiu_00575 | 47693 | 51431 | Leucine-rich repeat disease resistance protein-like | AGI-05 | 48.590 | ||||||||||
Wy0013 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 38229221 | 38232245 | ||||||||||||||||||
Af1374 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 39092285 | 39094629 | ||||||||||||||||||
Af1165 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 39331731 | 39333098 | ||||||||||||||||||
Af1587 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 39483387 | 39486219 | ||||||||||||||||||
Af1287 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 39601128 | 39604586 | ||||||||||||||||||
Fb2159 | - | - | - | - | - | - | SI205,SI300 | ![]() ![]() | scaffold_3 | 39606431 | 39608387 | ![]() | C_unshiu_00037 | 551437 | 553057 | Pirin family protein | AGI-05 | 49.856 | KmG-05S | 68.781 | JtR-05 | 41.770 | SA-09 | |||||
Lp0133 | AtAvailable marker | O | - | - | - | O | O | ![]() ![]() | scaffold_3 | 39657613 | 39660222 | ![]() | C_unshiu_00037 | 603033 | 605555 | Class I chitinase | AGI-05 | 48.590 | KmG-05S | 60.040 | NAT-05 | 26.483 | RP-05 | 65.128 | ||||
Lp0137 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 39657613 | 39660222 | ||||||||||||||||||
Af1328 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 39834680 | 39837971 | ||||||||||||||||||
Af1685 | - | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 40086985 | 40089114 | ![]() | C_unshiu_00335 | 76164 | 77436 | Hypothetical protein | AGI-05 | 56.481 | |||||||||||
Af1068 | O | - | - | - | - | - | ![]() ![]() | scaffold_3 | 40110008 | 40113420 | ![]() | C_unshiu_00335 | 99790 | 103133 | Protein vip1 | AGI-05 | 48.750 | |||||||||||
Af1662 | - | - | - | - | - | - |